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waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好,想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene(包括ortholog和paralog),我想找出里面的ortholog,踢掉paralog,有没有可行的办法?先谢过了~O(∩_∩)O~
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waymeanlz

新虫 (初入文坛)

内容已删除
3楼2012-08-21 08:16:32
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waymeanlz

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-21 08:24:16
对啊,duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在,如果没有的话,就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话,就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别,要么就索性不用,或者自己给 ...

明白了,谢谢啦~
我本来想的是,如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1,A2.。。。,就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考,比较Ai和B的相似程度,取相似度最高的作为这个物种中的ortholog,现在有点想不通这样做有没有道理了?求指教~~
6楼2012-08-21 08:49:06
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