应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何从homolog中 找出ortholog
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知（长期有效）
51/1返回列表
查看: 1068  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好，想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene（包括ortholog和paralog），我想找出里面的ortholog，踢掉paralog，有没有可行的办法？先谢过了~O(∩_∩)O~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-08-20 15:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上好佳wing

金虫 (小有名气)
我想请问下楼主，后来你是用什么办法解决这个问题的啊？
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-01 20:33:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你知道ortholog和paralog的区别吗？
根据我的理解，没有直接的软件可以做这个，要一个个筛选的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 19:02:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:16:32
我只知道ortholog是 物种分化形成的，而paralog是duplication形成的。
在得到了一群homolog的前提下，逐个筛选该怎么做？...

对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给加个记号。
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-21 08:24:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
顺便提一句，分别ortholog和paralog是因为建树的时候，要保证alignment里的序列都是属于同一个进化历史的（故而必须只能用ortholog）。这样的话，最好做个recombination detection （重组检测）。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-21 08:28:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭