应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何从homolog中 找出ortholog
81/1返回列表
查看: 1451  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好，想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene（包括ortholog和paralog），我想找出里面的ortholog，踢掉paralog，有没有可行的办法？先谢过了~O(∩_∩)O~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-20 15:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你知道ortholog和paralog的区别吗？
根据我的理解，没有直接的软件可以做这个，要一个个筛选的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 19:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
3楼2012-08-21 08:16:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:16:32
我只知道ortholog是 物种分化形成的，而paralog是duplication形成的。
在得到了一群homolog的前提下，逐个筛选该怎么做？...

对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给加个记号。
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-21 08:24:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
顺便提一句，分别ortholog和paralog是因为建树的时候，要保证alignment里的序列都是属于同一个进化历史的（故而必须只能用ortholog）。这样的话，最好做个recombination detection （重组检测）。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-21 08:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-21 08:24:16
对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给 ...

明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现在有点想不通这样做有没有道理了？求指教~~
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-21 08:49:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:49:06
明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现 ...

没有道理啊。进化和基因所在的位置有很大的关系，可能有的基因duplicate以后，就变成pseudo gene了，可能根本就不变化，或者进化的很快（没有保持功能的需要）。所以相似度不能作为选取的标准。
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-21 16:38:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上好佳wing

金虫 (小有名气)
我想请问下楼主，后来你是用什么办法解决这个问题的啊？
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-01 20:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 waymeanlz 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +7 Isak0320 2026-10-12 10/500 2026-10-12 22:38 by 大飞鱼鱼鱼
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭