应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何从homolog中 找出ortholog
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 1200  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好，想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene（包括ortholog和paralog），我想找出里面的ortholog，踢掉paralog，有没有可行的办法？先谢过了~O(∩_∩)O~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-20 15:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:49:06
明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现 ...

没有道理啊。进化和基因所在的位置有很大的关系，可能有的基因duplicate以后，就变成pseudo gene了，可能根本就不变化，或者进化的很快（没有保持功能的需要）。所以相似度不能作为选取的标准。
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-21 16:38:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你知道ortholog和paralog的区别吗？
根据我的理解，没有直接的软件可以做这个，要一个个筛选的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 19:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:16:32
我只知道ortholog是 物种分化形成的，而paralog是duplication形成的。
在得到了一群homolog的前提下，逐个筛选该怎么做？...

对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给加个记号。
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-21 08:24:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
顺便提一句，分别ortholog和paralog是因为建树的时候，要保证alignment里的序列都是属于同一个进化历史的（故而必须只能用ortholog）。这样的话，最好做个recombination detection （重组检测）。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-21 08:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 08工学 309分求调剂 +12 Yin DY 2026-04-08 12/600 2026-04-14 17:49 by lhj2009
[考研] 302分求调剂 +10 凡语祈愿 2026-04-08 11/550 2026-04-14 16:50 by jiangguiquan11
[考研] 297，工科调剂? +6 河南农业大学-能 2026-04-14 6/300 2026-04-14 16:04 by Art1977
[考研] 071000生物学调剂求助 +18 zzzzwww 2026-04-09 21/1050 2026-04-14 15:39 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 求调剂 +12 何气正 2026-04-13 13/650 2026-04-14 14:47 by zs92450
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +24 好好休息好不好 2026-04-09 27/1350 2026-04-13 22:22 by pies112
[考研] B区0809 ，数一英一，290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿西交机械专硕求调剂 +9 求上岸的小王 2026-04-10 9/450 2026-04-13 16:08 by jiangguiquan11
[考研] 生物学调剂 +11 小冉要努力 2026-04-10 13/650 2026-04-13 11:46 by 电化学及催化
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 322求调剂 +6 123安康 2026-04-12 13/650 2026-04-12 15:51 by 123安康
[考研] 085410 273求调剂 +10 X1999 2026-04-09 10/500 2026-04-12 09:24 by 逆水乘风
[考研] 药学专硕调剂 +8 ? 一路生?花? 2026-04-10 10/500 2026-04-11 21:21 by zhouxiaoyu
[考研] 296求调剂 +14 汪！？！ 2026-04-08 15/750 2026-04-11 20:28 by dongdian1
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
[考研] 江苏大学 工科调剂 捡漏 +3 Evan_Liu 2026-04-09 5/250 2026-04-10 10:22 by Evan_Liu
[考研] 一志愿中科大070300化学，314分求调剂 +12 wakeluofu 2026-04-09 12/600 2026-04-10 09:57 by liuhuiying09
[考研] 348求调剂 +3 candyyyi 2026-04-09 3/150 2026-04-09 17:20 by 段伟艳
[考研] 求机械专硕297第二批调剂 +5 拾柒12。 2026-04-08 5/250 2026-04-09 16:43 by 允当适度
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭