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汕头大学海洋科学接受调剂
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waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好,想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene(包括ortholog和paralog),我想找出里面的ortholog,踢掉paralog,有没有可行的办法?先谢过了~O(∩_∩)O~
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:49:06
明白了,谢谢啦~
我本来想的是,如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1,A2.。。。,就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考,比较Ai和B的相似程度,取相似度最高的作为这个物种中的ortholog,现 ...

没有道理啊。进化和基因所在的位置有很大的关系,可能有的基因duplicate以后,就变成pseudo gene了,可能根本就不变化,或者进化的很快(没有保持功能的需要)。所以相似度不能作为选取的标准。
7楼2012-08-21 16:38:01
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你知道ortholog和paralog的区别吗?
根据我的理解,没有直接的软件可以做这个,要一个个筛选的。
2楼2012-08-20 19:02:46
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:16:32
我只知道ortholog是 物种分化形成的,而paralog是duplication形成的。
在得到了一群homolog的前提下,逐个筛选该怎么做?...

对啊,duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在,如果没有的话,就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话,就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别,要么就索性不用,或者自己给加个记号。
4楼2012-08-21 08:24:16
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

顺便提一句,分别ortholog和paralog是因为建树的时候,要保证alignment里的序列都是属于同一个进化历史的(故而必须只能用ortholog)。这样的话,最好做个recombination detection (重组检测)。
5楼2012-08-21 08:28:10
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