应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何从homolog中 找出ortholog
汕头大学海洋科学接受调剂
81/1返回列表
查看: 1193  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好，想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene（包括ortholog和paralog），我想找出里面的ortholog，踢掉paralog，有没有可行的办法？先谢过了~O(∩_∩)O~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-20 15:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你知道ortholog和paralog的区别吗？
根据我的理解，没有直接的软件可以做这个，要一个个筛选的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 19:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
3楼2012-08-21 08:16:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:16:32
我只知道ortholog是 物种分化形成的，而paralog是duplication形成的。
在得到了一群homolog的前提下，逐个筛选该怎么做？...

对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给加个记号。
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-21 08:24:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
顺便提一句，分别ortholog和paralog是因为建树的时候，要保证alignment里的序列都是属于同一个进化历史的（故而必须只能用ortholog）。这样的话，最好做个recombination detection （重组检测）。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-21 08:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-21 08:24:16
对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给 ...

明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现在有点想不通这样做有没有道理了？求指教~~
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-21 08:49:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:49:06
明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现 ...

没有道理啊。进化和基因所在的位置有很大的关系，可能有的基因duplicate以后，就变成pseudo gene了，可能根本就不变化，或者进化的很快（没有保持功能的需要）。所以相似度不能作为选取的标准。
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-21 16:38:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上好佳wing

金虫 (小有名气)
我想请问下楼主，后来你是用什么办法解决这个问题的啊？
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-01 20:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 waymeanlz 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂推荐 +4 小聂爱学习 2026-04-14 4/200 2026-04-14 20:54 by fqwang
[考研] 22408 312求调剂 +15 门路摸摸 2026-04-14 16/800 2026-04-14 17:15 by zs92450
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+6 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 28/1400 2026-04-14 15:44 by zs92450
[考研] 071000生物学调剂求助 +18 zzzzwww 2026-04-09 21/1050 2026-04-14 15:39 by zs92450
[考研] 296求调剂 +8 汪！？！ 2026-04-09 9/450 2026-04-14 15:15 by 逆水乘风
[考研] 生物学调剂 +7 纸扇zhishan 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:21 by jyl0317
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 人工智能320调剂08工类还有机会吗 +18 振—TZ 2026-04-10 19/950 2026-04-14 10:34 by screening
[考研] 一志愿华南理工大学331分材料求调剂 +10 天下ww 2026-04-09 11/550 2026-04-13 23:25 by pies112
[考研] 332求调剂 +15 蕉蕉123 2026-04-10 15/750 2026-04-13 23:12 by pies112
[考研] 考研二轮调剂 +10 故人?? 2026-04-09 10/500 2026-04-13 09:55 by szhize
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 086000调剂 +6 十七sa 2026-04-07 6/300 2026-04-12 11:05 by 大力水手力大无�
[考研] 280求调剂 +7 兮兮夜夜 2026-04-09 10/500 2026-04-12 00:33 by 蓝云思雨
[考研] 277 数一104，学硕，求调剂 +21 瓶子PZ 2026-04-09 23/1150 2026-04-11 23:12 by labixiaoqiao
[考研] 0859，337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 346，工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭