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cfmzxf84木虫 (正式写手)
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[求助]
求助AMBER的能量分解和氢键分析in文件
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求助，做小分子和蛋白的能量分解和氢键分析，看了官网的教程，但是一直做不对。求知道的同学发两个in文件学习下参数。 主要目的：小分子与残基结合能分解；小分子与残基氢键分析 谢谢 |
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lujunyan1118
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【答案】应助回帖
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cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，我先看着，不懂请教您 2012-08-20 17:07:24
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，我先看着，不懂请教您 2012-08-20 17:07:24
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MM-PBSA的 input file &general endframe=500, interval=1, verbose=1 / #&gb # igb=5, saltcon=0.100 #/ &pb istrng=0 / &decomp idecomp=2, dec_verbose=3, print_res='1-15,36-44,64,88-95,158-161,176-199' （这个是你要分解的残基） ptraj氢键扫描的脚本： ############################################################################# #--This H-bonding analysis script is created based on one script available #--on the wed targeting h-bond formation of protein and DNA, first, whose #--original writer should be appreciated ! #-- #--This enhanced script modified by me is able to capture all the donors & #--acceptors of standard residues from protein-protein, protein-DNA as well #--as protein and RNA in principle. #-- #--Usage: #--For protein-RNA: Actually, this script is exactly applicable to pro-RNA! #--For protein-DNA: Please comment corresponding lines related to 2'OH in # RNA, also,remember to substitute DG for DG (for instance) #--For protein-protein: Just need to comment all the line regarding DNA/RNA. #-- #--Some issues are inevitable even though I have checked it many times.Please #--feel free to contact me in either following ways for useful discussion: #--E-mail: vip_zzc@emails.bjut.edu.cn #-- QQ: 350 2826 89 #-- Written by Zhicheng Zuo, 5/3/2011 ############################################################################# ######### laod trajectory ############ ###################################### trajin 1abc.mdcrd/mdcrd.gz/binpos trajin etc. trajin etc. ###################################### #-- Donors from amino acids sidechains ###################################### donor mask :GLN@OE1 donor mask :GLN@NE2 donor mask :ASN@OD1 donor mask :ASN@ND2 donor mask :TYR@OH donor mask :ASP@OD1 donor mask :ASP@OD2 donor mask :GLU@OE1 donor mask :GLU@OE2 donor mask :SER@OG donor mask :THR@OG1 donor mask :HIS@ND1 donor mask :HIE@ND1 donor mask :HID@NE2 ###################################### #-- Donors from nucleotides: DNA/RNA ###################################### ###### DC/DC ####### donor mask :DC@P donor mask :DC@O1P donor mask :DC@O2P donor mask :DC@O5' donor mask :DC@O4' donor mask :DC@N1 donor mask :DC@N4 donor mask :DC@N3 donor mask :DC@O2 donor mask :DC@O2' donor mask :DC@O3' ###### DG/DG ####### donor mask :DG@P donor mask :DG@O1P donor mask :DG@O2P donor mask :DG@O5' donor mask :DG@O4' donor mask :DG@N9 donor mask :DG@N7 donor mask :DG@O6 donor mask :DG@N1 donor mask :DG@N2 donor mask :DG@N3 donor mask :DG@O2' donor mask :DG@O3' ###### DU/DT ####### donor mask :DU@P donor mask :DU@O1P donor mask :DU@O2P donor mask :DU@O5' donor mask :DU@O4' donor mask :DU@N1 donor mask :DU@O4 donor mask :DU@N3 donor mask :DU@O2 donor mask :DU@O2' donor mask :DU@O3' ###### DA/DA ####### donor mask :DA@P donor mask :DA@O1P donor mask :DA@O2P donor mask :DA@O5' donor mask :DA@O4' donor mask :DA@N9 donor mask :DA@N7 donor mask :DA@N6 donor mask :DA@N1 donor mask :DA@N3 donor mask :DA@O2' donor mask :DA@O3' ####################################### #--Acceptors from animo acid sidechains ####################################### acceptor mask :ASN@ND2 :ASN@HD21 acceptor mask :ASN@ND2 :ASN@HD22 acceptor mask :TYR@OH :TYR@HH acceptor mask :GLN@NE2 :GLN@HE21 acceptor mask :GLN@NE2 :GLN@HE22 acceptor mask :TRP@NE1 :TRP@HE1 acceptor mask :LYS@NZ :LYS@HZ1 acceptor mask :LYS@NZ :LYS@HZ2 acceptor mask :LYS@NZ :LYS@HZ3 acceptor mask :SER@OG :SER@HG acceptor mask :THR@OG1 :THR@HG1 acceptor mask :ADG@NH2 :ADG@HH21 acceptor mask :ADG@NH2 :ADG@HH22 acceptor mask :ADG@NH1 :ADG@HH11 acceptor mask :ADG@NH1 :ADG@HH12 acceptor mask :ADG@NE :ADG@HE acceptor mask :HIS@NE2 :HIS@HE2 acceptor mask :HIE@NE2 :HIE@HE2 acceptor mask :HID@ND1 :HID@HD1 acceptor mask :HIP@ND1,NE2 :HIP@HE2,HD1 ####################################### #--Acceptors from nucleotides ####################################### acceptor mask :DC@N4 :DC@H41 acceptor mask :DC@N4 :DC@H42 acceptor mask :DC@O2' :DC@HO'2 acceptor mask :DG@N1 :DG@H1 acceptor mask :DG@N2 :DG@H21 acceptor mask :DG@N2 :DG@H22 acceptor mask :DG@O2' :DG@HO'2 acceptor mask :DU@N3 :DU@H3 acceptor mask :DU@O2' :DU@HO'2 acceptor mask :DA@N6 :DA@H61 acceptor mask :DA@N6 :DA@H62 acceptor mask :DA@O2' :DA@HO'2 ############################################################################################# ##-- NOTE: Pay particular attention to hydrogen associoted with 2'-OH in RNA, the "mask name" ##-- must always be HO'2 other than HO2' or others , otherwise, it cannot be recognized. ############################################################################################# ########################################################### #-- Backbone donors and acceptors for amino acid sidechains # N-H for prolines do not exist so are not in the mask ########################################################### donor mask @O ############################################# #-Terminal residues have different atom names ############################################# donor mask @OXT acceptor mask :1@N :1@H1 acceptor mask :1@N :1@H2 acceptor mask :1@N :1@H3 ############################################################################################ #--Specify distance and angle cutoff of H-bond, in this case, set to 3.5 and 120 repectively. #--To print out information related to time series, keyword "series" is to be included. ############################################################################################ hbond distance 3.5 angle 120 print .05 series hbt ############################################################################################ #--In addition, water or/and ions interacting with a particular donor or acceptor can be also #--keeped track of. Refer to documentation of hydrogen bonding facility in AmberTools manual! ############################################################################################ hbond distance 3.5 angle 120 solventneighbor 6 solventdonor WAT O solventacceptor WAT O H1 solventacceptor WAT O H2 hbond distance 3.5 angle 120 solventneighbor 6 solventdonor Na+ Na+ solventacceptor Na+ Na+ Na+ hbond distance 3.5 angle 120 solventneighbor 6 solventdonor Cl- Cl- solventacceptor Cl- Cl- Cl- |
2楼2012-08-20 12:30:11
lujunyan1118
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