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neweroica

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】哪里可以查到C-H...N氢键作用的力场? 已有2人参与

就是LAMMPS或DL_POLY里可以使用的。谢谢!
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zhangdagou5858

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-12 14:05:03
neweroica(金币+1):我看过第二版的《The Art of Molecular Dynamics Simulation》 2010-06-13 08:36:25
什么叫立场呢?立场实质上就是规定了原子质量和bond interaction和non-bond interaction的相关参数文件,就是说明原子之间如何作用 这个作用的怎么发生  怎么半经验来表示势能,C-H与H之间的作用 可能是氢键作用  这个在每个立场文件里面可以找到,你用记事本打开charmm文件  上面就有答案,推荐兄弟先找找相关入门书籍看看,做分子动力学模拟  一定要先学习基础知识
2楼2010-06-12 02:43:49
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neweroica

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zhangdagou5858 at 2010-06-12 02:43:49:
什么叫立场呢?立场实质上就是规定了原子质量和bond interaction和non-bond interaction的相关参数文件,就是说明原子之间如何作用 这个作用的怎么发生  怎么半经验来表示势能,C-H与H之间的作用 可能是氢键作用  ...

哥们,我已经找到了,就是AMBER发表在JPC上的那篇文章,里面有我要的力场参数。Anyway,谢谢你打了这么多字。
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3楼2010-06-13 08:35:20
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yongleli

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2010-06-13 08:35:20:


哥们,我已经找到了,就是AMBER发表在JPC上的那篇文章,里面有我要的力场参数。Anyway,谢谢你打了这么多字。

你等会,AMBER力场里不包含氢键相互作用项的。。。
我记得AMOEBA或者CHARMM力场包含氢键
4楼2010-12-06 17:16:49
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-06 22:43:38
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2010-12-06 17:16:49:


你等会,AMBER力场里不包含氢键相互作用项的。。。
我记得AMOEBA或者CHARMM力场包含氢键

charmm力场也没有氢键项的,但是有一组专用于计算氢键的参数。但不能用于真正计算
5楼2010-12-06 19:01:33
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