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小屁乖乖

铁虫 (初入文坛)

[求助] DNA提取后琼脂糖凝胶电泳检测图分析及原因和解决办法

提取的是桃基因组DNA，用的是CTAB法，1%琼脂糖凝胶检测，用的是GeneFinder核酸染料，由于拍照片的角度问题，图中最上边那一条带其实是在点样孔中的。存在问题：a.为什么点样孔会那么亮？是蛋白质吗？b.泳道亮是为什么？c.最下边的模糊的带是RNA吗？以上问题如何解决呢？
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1楼 2012-08-13 12:42:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-08-13 15:10:52
小屁乖乖: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-08-16 08:29:26
个人看法：
a:孔道中非常的亮应该是蛋白质的污染，建议在酚氯仿抽提的时候注意吸取上清的量；
b:应该是抽提过程中被打断的核酸分子吧，前5个就没有这种现象。
c: 最下面的应该是RNA，应该是在提取过程中没有加RNase吧。
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2楼2012-08-13 13:12:51
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-14 13:47:42
应该还是吸取上清的时候洗到了蛋白质的那一层，可以用酚氯仿再抽提一次，如果不影响实验的话，先往下进行试验吧，时间伤不起。
如果需要高质量的基因组，可以试试用试剂盒提取。
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小屁乖乖
6楼2012-08-14 08:39:06
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cpn

木虫 (正式写手)
lz你好像不是所有的上样孔中都有最上面的那个条带啊，你这所有的泳道上的都是同一个东西嘛？
还有genefinder这个染料实验室别人用的效果怎样？偶是不再相信它了。
lz要不要换EB试试？
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3楼2012-08-13 15:04:22
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小屁乖乖

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cpn at 2012-08-13 15:04:22
lz你好像不是所有的上样孔中都有最上面的那个条带啊，你这所有的泳道上的都是同一个东西嘛？
还有genefinder这个染料实验室别人用的效果怎样？偶是不再相信它了。
lz要不要换EB试试？

是不同的桃品种，不知道别人用的genefinder染料如何，我一直在用，考虑到EB毒性很大所以没用过
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4楼2012-08-13 15:23:50
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lilirong2009

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小屁乖乖: 金币+2, ★有帮助 2012-08-16 08:30:36
点样孔里面亮是蛋白污染，在用酚仿抽提的时候要抽提到两相液面看不到不溶物为止，上清少吸一些，动作不要太剧烈，你第八孔的DNA已经有些降解了呢。DNA提取完加Rnase 37℃水浴半小时，那样你前5孔原处的RNA就看不到了。
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8楼2012-08-14 16:40:36
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beautybanana

木虫 (著名写手)
用正确的提取方法，正确的操作步骤，你就会得到正确的结果。提取基因组是最基本的实验技能。 最好还是要你自己去分析你的实验结果。
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10楼2012-08-14 17:01:18
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普通回帖

小屁乖乖

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-13 13:12:51
个人看法：
a:孔道中非常的亮应该是蛋白质的污染，建议在酚氯仿抽提的时候注意吸取上清的量；
b:应该是抽提过程中被打断的核酸分子吧，前5个就没有这种现象。
c: 最下面的应该是RNA，应该是在提取过程中没有加RN ...

前5个和后5个区别是：前5个用的裂解液不是CTAB,是试剂盒里的裂解液，后5个用的就是CTAB，但用酚氯仿异戊醇抽提了1次，氯仿异戊醇也抽提了1次。会是什么原因？
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5楼2012-08-13 15:30:30
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自然_法则

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小屁乖乖: 金币+1, ★有帮助 2012-08-16 08:32:47
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小屁乖乖 at 2012-08-13 15:23:50
是不同的桃品种，不知道别人用的genefinder染料如何，我一直在用，考虑到EB毒性很大所以没用过...

嗯  现在实验室很多都不用EB了  毒性太大 你可以尝试下用Gel red效果还可以  也是无毒的
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每一个结果都有与之关联的起因我称之为结果论
7楼2012-08-14 10:58:38
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beautybanana

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cpn at 2012-08-13 15:04:22
lz你好像不是所有的上样孔中都有最上面的那个条带啊，你这所有的泳道上的都是同一个东西嘛？
还有genefinder这个染料实验室别人用的效果怎样？偶是不再相信它了。
lz要不要换EB试试？

EB 致癌的荧光染料~！ 建议你换换 Goldview 或 GelRed 试试，好歹它们不能穿过细胞膜。
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9楼2012-08-14 16:58:29
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