24小时热门版块排行榜    

查看: 5208  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yangqi

金虫 (小有名气)

[求助] RT-PCR的cDNA不能扩增出目的条带,只有内参基因能扩增出来

大家好!
我近期在做RT-PCR,一共有四个模板,来源于同一个细菌。内参选择的是16sRNA,另外还选择了两对目的基因。
提取RNA后,经DNA酶消化后,以反转录后得到cDNA为模板,用普通PCR扩增,但是只有16sRNA是在每个样本中都可以得到的,目的基因在其中的两个样本中无法得到,不知道是什么原因。求各位高手解惑!
这是我所提RNA的图片,其中第1、2、3泳道为1、2、3样本,后面两个泳道为第4个样本。

逆转录后得到的图如下,基因分别为16sRNA、目的基因1和2(从右到左)。泳道有点糊的是DNA做的阳参。
后面我又重新做了一次,结果更差了

希望大家批评指正,感激不尽!

第二次的结果



第一次的结果



RNA检测的结果
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

人生,只有坚强,才能美好!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangqi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhqu1234 at 2012-08-10 17:48:43
正常正常,RTPCR只能“多多少少”反映基因表达的差异,结果不一定准确,建议楼主多做几次重复或者做个real-time PCR看看,如果还是相反地结果,就得好好考虑了。我们实验室也曾做出过real-time PCR和western数据完全 ...

借你吉言,真希望是这样,我做过两次重复了,准备再做试试看。和WB比较看看吧,大paper不敢想,只想知道原因就好了。
非常感谢你的帮助!
人生,只有坚强,才能美好!
9楼2012-08-11 09:18:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

zhqu1234

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-08-10 13:53:30
yangqi: 金币+100, ★★★很有帮助, 谢谢! 2012-08-10 16:04:25
1.楼主的基因是否为低拷贝基因?我曾经克隆一个低拷贝基因,提了50个RNA样品,只有3个扩增出来了。楼主扩增不出可能跟所提样品太少有关系。
2.楼主的基因是否是较长片段?由于RNA降解导致cDNA不完整,如果片段较长也可能扩增不出来,建议楼主分段设计引物进行拼接。
3.建议使用活性较高的taq酶进行pcr,有些高保真的酶就是扩不出来。
4.建议楼主在目的基因内部(最好是3‘端)设计较短序列的一对引物,对你这三个样品进行pcr看看。
2楼2012-08-10 12:50:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangqi

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhqu1234 at 2012-08-10 12:50:07
1.楼主的基因是否为低拷贝基因?我曾经克隆一个低拷贝基因,提了50个RNA样品,只有3个扩增出来了。楼主扩增不出可能跟所提样品太少有关系。
2.楼主的基因是否是较长片段?由于RNA降解导致cDNA不完整,如果片段较长 ...

1.我的这两个基因,按照质谱结果来说,应该是高拷贝的,但是为什么在最有可能拷贝出的样本里却拷贝不出来,不能理解。
2.片段大小在100bp左右吧,我现在也怀疑由于用的是随机引物,不知道目的片段的反转录了没有。
3.我用的是mix做的PCR,不知有没有问题?
4.这个建议很好,谢谢,我试试看。
人生,只有坚强,才能美好!
3楼2012-08-10 16:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhqu1234

银虫 (初入文坛)

PCR mix得看公司了,一般越贵的保真性越好,活性反而低。我们平常pcr用天根的mix,活性非常高,但是错配率高达1/100。好多进口货扩增不出来的,他都能扩出来。
4楼2012-08-10 16:12:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] 人气不行了 +10 fansofjerry 2026-08-21 10/500 2026-08-24 21:03 by zhanghaozhu
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见