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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 关于微生物新种的界定（发过新种的进）
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dgm1208

银虫 (小有名气)

[求助] 关于微生物新种的界定（发过新种的进）

如图，本人筛得了一些菌，这是其中一个，测了16S，提交结果显示如图，想下一步买模式菌株做DNA-DNA杂交，但是貌似相关菌株数量比较多，我就想问一下，我如果选一个区段的模式菌株，比如我选择大于等于98.616的模式菌株来做，这个发文章的时候认可吗？跪求赐教啊···
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科研路艰辛···
1楼 2012-07-23 10:04:51
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 回帖置顶 2012-07-23 21:05:00
zhang8826857: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-24 08:57:35
dgm1208: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-08-06 18:48:57
你这个首先要搞清楚哪些不同编号的菌株是不是一个东西，你的菌株不可能和这么多菌株相似度达到差异极小的程度吧，无论如何编号你的拿到那些菌株所代表的一个种就行，最好是模式菌株，不需要那么多，但相反，如果这些相似菌株代表的是不同种的菌株，你最好每个种得到一个就行
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2楼2012-07-23 10:59:58
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
amisking: 回帖置顶 2012-07-23 21:04:58
zhang8826857: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-24 08:57:46
dgm1208: 金币+1, ★有帮助 2012-08-06 18:49:08
你列的每一个编号菌株都代表不同的属吗，这就麻烦了，你的意思是说你的菌株和以上13个属的链霉菌相似，那16s在链霉菌简直就是废柴，都很难区分属，这个我还是第一次见，如果13个不都代表不同的属，那就每个属都选一个，这些恐怕还不够，还有相似的，工作量只有全测了；或者你只有在形态学上先去分辨了，再选菌株吧
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4楼2012-07-23 19:45:10
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dgm1208

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by niyq at 2012-07-23 10:59:58
你这个首先要搞清楚哪些不同编号的菌株是不是一个东西，你的菌株不可能和这么多菌株相似度达到差异极小的程度吧，无论如何编号你的拿到那些菌株所代表的一个种就行，最好是模式菌株，不需要那么多，但相反，如果这些 ...

每一个编号都是链霉菌，但是是不同的属啊。肿么办？
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科研路艰辛···
3楼2012-07-23 17:10:30
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niyq

木虫 (小有名气)

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★
dgm1208: 金币+1, ★有帮助 2012-08-06 18:49:21
没办了，只有全部购买标准菌，一个个做了
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5楼2012-07-24 02:38:53
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niyq

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
dgm1208: 金币+1, ★有帮助 2012-08-06 18:49:36
如果你没把握是新种，就没必要做了哈
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6楼2012-07-24 02:40:20
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qiuqu_200212

至尊木虫 (知名作家)

无助又无奈

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感谢参与，应助指数 +1
微生物的新种主要是生理、形态和16S（18S）序列，不过需要广博的知识基础。
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无奈又无助的天鹅，孤零零
7楼2012-07-24 08:16:12
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shiliu2011

木虫 (正式写手)
请问楼主这张图是用什么网站或者软件得到的？
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8楼2012-07-24 10:19:27
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dgm1208

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by shiliu2011 at 2012-07-24 10:19:27
请问楼主这张图是用什么网站或者软件得到的？

我是先扩16s，测得正反向，然后拼接的，拼接好的序列提交的Eztaxon···
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科研路艰辛···
9楼2012-07-24 10:59:16
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dgm1208

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by niyq at 2012-07-23 19:45:10
你列的每一个编号菌株都代表不同的属吗，这就麻烦了，你的意思是说你的菌株和以上13个属的链霉菌相似，那16s在链霉菌简直就是废柴，都很难区分属，这个我还是第一次见，如果13个不都代表不同的属，那就每个属都选一 ...

我们老师说这样的情况她以前也遇到过，但是一般就不继续做了，她说又一次好像看到一篇文章就是选了一个区段做的，她记得不是很清楚了，所以我想这到论坛上来请教一下，我这边有四五个菌株都是这种情况啊···
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科研路艰辛···
10楼2012-07-24 11:04:23
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