应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 这样的BLAST结果如何取舍？
111/2返回列表12下一页
查看: 1214  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

77638333

金虫 (著名写手)

[求助] 这样的BLAST结果如何取舍？

有时出现2个基因名称，分别点击，均有序列，而且不同。那么是按照基因名称与进行比对的基因名称是否一致，还是按照配对的碱基位置进行取舍，或是皆附上？

BLAST的目的是为下一步设计通用引物做准备。
回复此楼

» 猜你喜欢
喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
1楼 2012-07-22 15:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yxu1986
2楼2012-07-22 16:49:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yxu1986
3楼2012-07-22 16:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得应该按照E值来判断，E值越低，说明相似度越高，也就是你想要的序列了。检索一段序列，应该不会出现两个名称啊，除非是别称
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-23 12:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77638333

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-07-23 12:16:35
我觉得应该按照E值来判断，E值越低，说明相似度越高，也就是你想要的序列了。检索一段序列，应该不会出现两个名称啊，除非是别称

已经出现了，怎么办？而且分别对映两个序列。见截图。
赞一下 回复此楼
喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
5楼2012-07-23 15:07:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这很正常，不同的时间大家提交的序列是完全一样的，有这个可能，本来NCBI就是一个开放的平台，看看这两个序列，应该不是出自同一片参考文献，找那篇最近的就OK了
赞一下 回复此楼
6楼2012-07-23 20:00:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:07
同意楼上的，看看他们的序列是否一致，主要是编码区。很多时候是两端的UTR不一致。
这种情况在微生物中很常见，你的这个好像就是菌中的，可能是两个物种的这个基因同源性比较高吧。
最后按照碱基配对取舍吧。祝好运！！
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-23 20:29:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:27
这两个基因会不会是一个是某物种染色体上的片段，另一个是该物种的某个基因，实际上是同一个基因。
可以把这两个基因用ClustalX比较一下，相似性很高的话其实就都一样了。我之前遇到过出现3个相同的，最后ClustalX比较发现中间完全匹配，只有两段有多出来的片段。
赞一下 回复此楼
miracles happen everyday, some people don't think so but they do!
8楼2012-07-24 10:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:38
有发现一个问题，不知道对楼主是否有用：
楼主的query序列不知道是什么，可能是一段基因序列（mRNA吧），而你比对的subject序列式genome序列（看标题和subject序列位置），应该是整个基因组把。

查了一下Geobacter sulfurreducens是一种革兰氏阴性菌，转录后mRNA几乎没有加工的，所以才会和基因组DNA比对上。

所以这或许就是一个基因，只是mRNA和它的DNA模板比对上了而已
赞一下 回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
9楼2012-07-24 10:39:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以参考一下功能注释！
赞一下 回复此楼
坚持，就像流星，即使知道最后的结果，也要勇敢的走到最后！
10楼2012-07-24 10:42:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 77638333 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:52 by o3EMxHUAQDtS
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:40 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭