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77638333

金虫 (著名写手)

[求助] 这样的BLAST结果如何取舍?

有时出现2个基因名称,分别点击,均有序列,而且不同。那么是按照基因名称与进行比对的基因名称是否一致,还是按照配对的碱基位置进行取舍,或是皆附上?

BLAST的目的是为下一步设计通用引物做准备。
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喝啥别喝三鹿,学啥别学生物
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hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:27
这两个基因会不会是一个是某物种染色体上的片段,另一个是该物种的某个基因,实际上是同一个基因。
可以把这两个基因用ClustalX比较一下,相似性很高的话其实就都一样了。我之前遇到过出现3个相同的,最后ClustalX比较发现中间完全匹配,只有两段有多出来的片段。
miracles happen everyday, some people don't think so but they do!
8楼2012-07-24 10:37:15
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得应该按照E值来判断,E值越低,说明相似度越高,也就是你想要的序列了。检索一段序列,应该不会出现两个名称啊,除非是别称
4楼2012-07-23 12:16:35
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77638333

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-07-23 12:16:35
我觉得应该按照E值来判断,E值越低,说明相似度越高,也就是你想要的序列了。检索一段序列,应该不会出现两个名称啊,除非是别称

已经出现了,怎么办?而且分别对映两个序列。见截图。
喝啥别喝三鹿,学啥别学生物
5楼2012-07-23 15:07:25
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这很正常,不同的时间大家提交的序列是完全一样的,有这个可能,本来NCBI就是一个开放的平台,看看这两个序列,应该不是出自同一片参考文献,找那篇最近的就OK了
6楼2012-07-23 20:00:41
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