应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 这样的BLAST结果如何取舍？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/2返回列表12下一页
查看: 946  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

77638333

金虫 (著名写手)

[求助] 这样的BLAST结果如何取舍？

有时出现2个基因名称，分别点击，均有序列，而且不同。那么是按照基因名称与进行比对的基因名称是否一致，还是按照配对的碱基位置进行取舍，或是皆附上？

BLAST的目的是为下一步设计通用引物做准备。
回复此楼

» 猜你喜欢
喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
1楼 2012-07-22 15:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yxu1986
2楼2012-07-22 16:49:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yxu1986
3楼2012-07-22 16:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得应该按照E值来判断，E值越低，说明相似度越高，也就是你想要的序列了。检索一段序列，应该不会出现两个名称啊，除非是别称
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-23 12:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

77638333

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-07-23 12:16:35
我觉得应该按照E值来判断，E值越低，说明相似度越高，也就是你想要的序列了。检索一段序列，应该不会出现两个名称啊，除非是别称

已经出现了，怎么办？而且分别对映两个序列。见截图。
赞一下 回复此楼
喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
5楼2012-07-23 15:07:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这很正常，不同的时间大家提交的序列是完全一样的，有这个可能，本来NCBI就是一个开放的平台，看看这两个序列，应该不是出自同一片参考文献，找那篇最近的就OK了
赞一下 回复此楼
6楼2012-07-23 20:00:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:07
同意楼上的，看看他们的序列是否一致，主要是编码区。很多时候是两端的UTR不一致。
这种情况在微生物中很常见，你的这个好像就是菌中的，可能是两个物种的这个基因同源性比较高吧。
最后按照碱基配对取舍吧。祝好运！！
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-23 20:29:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:27
这两个基因会不会是一个是某物种染色体上的片段，另一个是该物种的某个基因，实际上是同一个基因。
可以把这两个基因用ClustalX比较一下，相似性很高的话其实就都一样了。我之前遇到过出现3个相同的，最后ClustalX比较发现中间完全匹配，只有两段有多出来的片段。
赞一下 回复此楼
miracles happen everyday, some people don't think so but they do!
8楼2012-07-24 10:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:38
有发现一个问题，不知道对楼主是否有用：
楼主的query序列不知道是什么，可能是一段基因序列（mRNA吧），而你比对的subject序列式genome序列（看标题和subject序列位置），应该是整个基因组把。

查了一下Geobacter sulfurreducens是一种革兰氏阴性菌，转录后mRNA几乎没有加工的，所以才会和基因组DNA比对上。

所以这或许就是一个基因，只是mRNA和它的DNA模板比对上了而已
赞一下 回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
9楼2012-07-24 10:39:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以参考一下功能注释！
赞一下 回复此楼
坚持，就像流星，即使知道最后的结果，也要勇敢的走到最后！
10楼2012-07-24 10:42:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 77638333 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科211，293分请求调剂 +4 莲菜就是藕吧 2026-04-03 4/200 2026-04-04 05:18 by gswylq
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 调剂 +8 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 8/400 2026-04-03 22:06 by 无际的草原
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦！ 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 296材料专硕求调剂 +20 202451007219 2026-04-02 21/1050 2026-04-03 11:15 by wangjy2002
[考研] 求生物学调剂 +10 15172915737 2026-04-01 10/500 2026-04-02 18:53 by 哦哦嗯哈
[考研] 一志愿同济大学323分（080500）求调剂 +6 yikeniu 2026-04-01 6/300 2026-04-02 14:19 by smileboy2006
[考研] 08生物与医药专硕初试346找调剂 +6 dianeeee 2026-04-01 7/350 2026-04-02 08:23 by guoweigw
[考研] 化学工程专硕324分，一志愿中国矿业大学求调剂 +7 耿耿1314 2026-04-01 7/350 2026-04-02 07:40 by 尚水阁主
[考研] 材料调剂 +14 一样YWY 2026-04-01 14/700 2026-04-01 21:07 by lijunpoly
[考研] 286求调剂 +5 Sa67890. 2026-04-01 7/350 2026-04-01 19:50 by 6781022
[考研] 一志愿北交材料工程总分358 +5 cs0106 2026-04-01 7/350 2026-04-01 11:45 by wangjy2002
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 一志愿西交大080500材料学硕349 +6 jqx1258 2026-03-31 7/350 2026-03-31 21:08 by yuq
[考研] 求调剂 生物学 377分 +6 zzll03 2026-03-31 6/300 2026-03-31 17:33 by 唐沐儿
[考研] 315求调剂 +6 akie... 2026-03-28 7/350 2026-03-31 16:48 by asdfzly
[考研] 353求调剂 +3 江上枫_26 2026-03-28 3/150 2026-03-31 15:53 by jp9609
[考研] 英一数一总分334求调剂 +4 陈阳坤 2026-03-31 4/200 2026-03-31 14:22 by 记事本2026
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 调剂考研 +3 王杰一 2026-03-29 3/150 2026-03-29 08:09 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭