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这样的BLAST结果如何取舍?
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这样的BLAST结果如何取舍?
有时出现2个基因名称,分别点击,均有序列,而且不同。那么是按照基因名称与进行比对的基因名称是否一致,还是按照配对的碱基位置进行取舍,或是皆附上?
BLAST的目的是为下一步设计通用引物做准备。
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喝啥别喝三鹿,学啥别学生物
1楼
2012-07-22 15:25:05
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tiani_tan
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2012-07-24 14:17:07
同意楼上的,看看他们的序列是否一致,主要是编码区。很多时候是两端的UTR不一致。
这种情况在微生物中很常见,你的这个好像就是菌中的,可能是两个物种的这个基因同源性比较高吧。
最后按照碱基配对取舍吧。祝好运!!
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7楼
2012-07-23 20:29:03
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tiani_tan
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我觉得应该按照E值来判断,E值越低,说明相似度越高,也就是你想要的序列了。检索一段序列,应该不会出现两个名称啊,除非是别称
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4楼
2012-07-23 12:16:35
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4楼
:
Originally posted by
tiani_tan
at 2012-07-23 12:16:35
我觉得应该按照E值来判断,E值越低,说明相似度越高,也就是你想要的序列了。检索一段序列,应该不会出现两个名称啊,除非是别称
已经出现了,怎么办?而且分别对映两个序列。见截图。
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喝啥别喝三鹿,学啥别学生物
5楼
2012-07-23 15:07:25
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这很正常,不同的时间大家提交的序列是完全一样的,有这个可能,本来NCBI就是一个开放的平台,看看这两个序列,应该不是出自同一片参考文献,找那篇最近的就OK了
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6楼
2012-07-23 20:00:41
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