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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 这样的BLAST结果如何取舍？
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77638333

金虫 (著名写手)

[求助] 这样的BLAST结果如何取舍？

有时出现2个基因名称，分别点击，均有序列，而且不同。那么是按照基因名称与进行比对的基因名称是否一致，还是按照配对的碱基位置进行取舍，或是皆附上？

BLAST的目的是为下一步设计通用引物做准备。
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喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
1楼 2012-07-22 15:25:05
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yxu1986
2楼2012-07-22 16:49:32
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yxu1986
3楼2012-07-22 16:50:50
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得应该按照E值来判断，E值越低，说明相似度越高，也就是你想要的序列了。检索一段序列，应该不会出现两个名称啊，除非是别称
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4楼2012-07-23 12:16:35
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77638333

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-07-23 12:16:35
我觉得应该按照E值来判断，E值越低，说明相似度越高，也就是你想要的序列了。检索一段序列，应该不会出现两个名称啊，除非是别称

已经出现了，怎么办？而且分别对映两个序列。见截图。
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喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
5楼2012-07-23 15:07:25
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jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这很正常，不同的时间大家提交的序列是完全一样的，有这个可能，本来NCBI就是一个开放的平台，看看这两个序列，应该不是出自同一片参考文献，找那篇最近的就OK了
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6楼2012-07-23 20:00:41
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:07
同意楼上的，看看他们的序列是否一致，主要是编码区。很多时候是两端的UTR不一致。
这种情况在微生物中很常见，你的这个好像就是菌中的，可能是两个物种的这个基因同源性比较高吧。
最后按照碱基配对取舍吧。祝好运！！
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7楼2012-07-23 20:29:03
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hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:27
这两个基因会不会是一个是某物种染色体上的片段，另一个是该物种的某个基因，实际上是同一个基因。
可以把这两个基因用ClustalX比较一下，相似性很高的话其实就都一样了。我之前遇到过出现3个相同的，最后ClustalX比较发现中间完全匹配，只有两段有多出来的片段。
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miracles happen everyday, some people don't think so but they do!
8楼2012-07-24 10:37:15
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任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-24 14:17:38
有发现一个问题，不知道对楼主是否有用：
楼主的query序列不知道是什么，可能是一段基因序列（mRNA吧），而你比对的subject序列式genome序列（看标题和subject序列位置），应该是整个基因组把。

查了一下Geobacter sulfurreducens是一种革兰氏阴性菌，转录后mRNA几乎没有加工的，所以才会和基因组DNA比对上。

所以这或许就是一个基因，只是mRNA和它的DNA模板比对上了而已
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9楼2012-07-24 10:39:12
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sd3824289

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以参考一下功能注释！
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10楼2012-07-24 10:42:28
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