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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 氧化锌吸附染料的pwscf计算
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cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 氧化锌吸附染料的pwscf计算

我在对氧化锌吸附体系（8*8*6超晶格吸附染料）进行relax计算的时候，输出文件卡在开头一直没变，大家看看是什么问题啊，谢谢了。
输出文件结尾：不知道charge为什么会是负的。
     number of k points=     1
                       cart. coord. in units 2pi/alat
        k(    1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   2.0000000

     Dense  grid: 17475363 G-vectors     FFT dimensions: ( 250, 250, 640)

     Smooth grid:  4421473 G-vectors     FFT dimensions: ( 160, 160, 400)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions       706.11 Mb     (   8648, 5351)
        NL pseudopotentials          2054.32 Mb     (   8648,15568)
        Each V/rho on FFT grid          9.54 Mb     ( 625000)
        Each G-vector array             2.08 Mb     ( 273054)
        G-vector shells                 0.96 Mb     ( 125618)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions      2824.43 Mb     (   8648,21404)
        Each subspace H/S matrix      279.52 Mb     (4280,4280)
        Each matrix   1271.12 Mb     (  15568, 5351)
        Arrays for rho mixing          76.29 Mb     ( 625000,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms
     Check: negative starting charge=   -0.562288

     starting charge **********, renormalised to **********

     negative rho (up, down):  0.562E+00 0.000E+00
     Starting wfc are 6080 randomized atomic wfcs
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1楼2012-07-13 07:02:09
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-07-14 19:22:55
是不是内存不够了呢？看样子你的任务没有几十G内存是不够的
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2楼2012-07-13 09:34:01
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-07-14 19:23:07
多少个原子？用了多少个核？几百个原子的话，没有100个cpu核就几乎算不动的。
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3楼2012-07-13 10:01:16
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frank_zhan

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-07-14 19:23:24
不是CPU的问题，是内存远远不够。一般cluster都是一个CPU对应一定的内存，但是每个机器又有内存的上限。这相当于每个core需要接近8G的内存。你最好是试试256G内存的机器。同时也可以减小k点密度，减小ecutwfc,还有就是缩小cell的尺寸等等。
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frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
4楼2012-07-13 10:19:24
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
最好能把你的.in文件也贴出来，这样大家才能知道确切的问题。
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frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
5楼2012-07-13 10:20:35
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cj4566

木虫 (正式写手)
大家好热心啊，下面是输入文件：
&CONTROL
                 calculation  = 'relax',
                 restart_mode = 'from_scratch',
                 prefix       = "ZnO-886-218",
                 pseudo_dir   = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo",
                 outdir       = "/home/n7388683/QE/tmp",                 
/
&SYSTEM
                       ibrav = 4,
                   celldm(1) = 49.23871794442488,
                   celldm(2) = 1.201796131409272,
                   celldm(3) = 2.53237849247774,
                         nat = 1283,
                        ntyp = 6,
                     ecutwfc = 25,
                     ecutrho = 250,
/
&ELECTRONS
                 conv_thr    = 1.D-6,
                 mixing_beta = 0.6,
/
&IONS
                ion_dynamics = 'bfgs',           
/
ATOMIC_SPECIES
   Zn   65.3799972534  Zn.pbe-van.UPF
    O   15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
    C   12.0109996796  C.pbe-van_bm.UPF
    H    1.0080000162  H.pbe-van_ak.UPF
    N   14.0069999695  N.pbe-van_ak.UPF
    S   32.0600013733  S.pbe-van_bm.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
。。。
K_POINTS automatic
  1 1 1   0 0 0

一共1083个原子，太多了这里就省了，用的是64个cpu，480gb内存，下面是脚本：
#!/bin/bash -l

#PBS -N MPI
#PBS -l walltime=100:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=16:mem=120gb

module load quantum/5.0.MPT
cd $PBS_O_WORKDIR

mpiexec -n 64 pw.x < ZnO-886-218.rx.in > ZnO-886-218.rx.out

是不是因为体系太大啊，谢谢了！！！
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6楼2012-07-13 10:56:15
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cj4566 at 2012-07-13 10:56:15
大家好热心啊，下面是输入文件：
&CONTROL
                 calculation  = 'relax',
                 restart_mode = 'from_scratch',
                 prefix       = "ZnO-886-218",
    ...

是1283个原子
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7楼2012-07-13 10:57:54
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-07-13 10:01:16
多少个原子？用了多少个核？几百个原子的话，没有100个cpu核就几乎算不动的。

按您这么说，我肯定得需要几百个cpu了
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8楼2012-07-13 10:58:34
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-07-14 19:23:57
引用回帖:
7楼: Originally posted by cj4566 at 2012-07-13 10:57:54
是1283个原子...

1k多个原子？多到逆天了……一般DFT最多也就见过一两百原子的，并且就已经要求是非常强悍的机器了……这1k多个……64个核心算肯定不够……
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思想重于技巧，内涵重于表象
9楼2012-07-13 12:16:03
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by souledge at 2012-07-13 12:16:03
1k多个原子？多到逆天了……一般DFT最多也就见过一两百原子的，并且就已经要求是非常强悍的机器了……这1k多个……64个核心算肯定不够……...

嘿嘿  都逆天了阿，看来软件开发的空间还很大嘛。我看到下面文章中的体系也有上千原子啊：
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2012/jm/c1jm13605d
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10楼2012-07-13 12:23:18
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