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yanglina062

银虫 (小有名气)

[求助] 用quantum espresso 软件来计算染料分子吸附在cluster 表面后的光谱性能

请问一下高手们,如何将吸附于二氧化钛cluster表面的染料分子这整个体系的坐标信息弄到PWscf的输入文件里面?论坛上看到有用MS先建模,castep运行后将其坐标信息导入的。可是我这个是cluster,我不知道用pwscf计算的时候cluster的坐标是不是和周期性体系的一样,可以用这种方法来做,还有就是如果是cluster,它的真空层就没法建了。可是有文献提到这种情况还有在三个方向都建真空层的,不知道怎么回事,还望牛人给指导一下,谢谢!
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come on!
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-17 19:39:38
在MS中建立个大box,然后把cluster模型扔进去就成了~重要的是box一定要足够大~
思想重于技巧,内涵重于表象
2楼2012-05-17 17:17:02
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yanglina062

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by souledge at 2012-05-17 17:17:02:
在MS中建立个大box,然后把cluster模型扔进去就成了~重要的是box一定要足够大~

那真空层大小不需要考虑了么?
come on!
3楼2012-05-17 19:20:38
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yanglina062

银虫 (小有名气)

您帮我看看,我把模型建成这样行不行,谢谢了!


come on!
4楼2012-05-17 19:35:57
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-18 08:34:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by yanglina062 at 2012-05-17 19:35:57:
您帮我看看,我把模型建成这样行不行,谢谢了!
9b/fd/1573758_1337254544_515.png

不知道,盒子的大小要自己多算几个尺寸才成,没人能提供你现成的答案。
思想重于技巧,内涵重于表象
5楼2012-05-17 20:08:50
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yanglina062

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by souledge at 2012-05-17 20:08:50:
不知道,盒子的大小要自己多算几个尺寸才成,没人能提供你现成的答案。

哦,好的。谢谢!
come on!
6楼2012-05-17 21:37:42
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-18 08:34:18
一般各个真空层方向距离为10A左右足够了,但是也要看体系,如果有大分子或者相互作用距离较远的体系,可能需要大一些。
7楼2012-05-18 00:34:27
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yanglina062

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-05-18 00:34:27:
一般各个真空层方向距离为10A左右足够了,但是也要看体系,如果有大分子或者相互作用距离较远的体系,可能需要大一些。

可是MS目前不是只可以在一个方向上加真空层么?而且我不知道cluster怎么才能知道各个方向真空层的距离。还恳请专家指导一下。谢谢!
come on!
8楼2012-05-18 09:06:39
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goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-19 08:22:23
yanglina062: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 非常感谢您的帮助! 2012-05-19 08:35:17
引用回帖:
8楼: Originally posted by yanglina062 at 2012-05-18 09:06:39:
可是MS目前不是只可以在一个方向上加真空层么?而且我不知道cluster怎么才能知道各个方向真空层的距离。还恳请专家指导一下。谢谢!

这个是很简单的事情,只要拉大你的晶格常数而你的原子位置不变就行。
另外,一般而言,比如对你的碳纳米管,只需要在两个方向加真空,因为是一维周期性结构。
9楼2012-05-19 01:34:33
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gongjijun

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by goldenfisher at 2012-05-18 00:34:27:
一般各个真空层方向距离为10A左右足够了,但是也要看体系,如果有大分子或者相互作用距离较远的体系,可能需要大一些。

您好,“相互作用距离较远的体系” 这句话该如何理解?
10楼2012-05-19 09:15:31
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