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氧化锌吸附染料的pwscf计算
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我在对氧化锌吸附体系（8*8*6超晶格吸附染料）进行relax计算的时候，输出文件卡在开头一直没变，大家看看是什么问题啊，谢谢了。 输出文件结尾：不知道charge为什么会是负的。 number of k points= 1 cart. coord. in units 2pi/alat k( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000), wk = 2.0000000 Dense grid: 17475363 G-vectors FFT dimensions: ( 250, 250, 640) Smooth grid: 4421473 G-vectors FFT dimensions: ( 160, 160, 400) Largest allocated arrays est. size (Mb) dimensions Kohn-Sham Wavefunctions 706.11 Mb ( 8648, 5351) NL pseudopotentials 2054.32 Mb ( 8648,15568) Each V/rho on FFT grid 9.54 Mb ( 625000) Each G-vector array 2.08 Mb ( 273054) G-vector shells 0.96 Mb ( 125618) Largest temporary arrays est. size (Mb) dimensions Auxiliary wavefunctions 2824.43 Mb ( 8648,21404) Each subspace H/S matrix 279.52 Mb (4280,4280) Each Arrays for rho mixing 76.29 Mb ( 625000, 8) Initial potential from superposition of free atoms Check: negative starting charge= -0.562288 starting charge **********, renormalised to ********** negative rho (up, down): 0.562E+00 0.000E+00 Starting wfc are 6080 randomized atomic wfcs |
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 计算与催化 |
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043114076
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2楼2012-07-13 09:34:01
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5楼2012-07-13 10:20:35
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大家好热心啊，下面是输入文件： &CONTROL calculation = 'relax', restart_mode = 'from_scratch', prefix = "ZnO-886-218", pseudo_dir = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo", outdir = "/home/n7388683/QE/tmp", / &SYSTEM ibrav = 4, celldm(1) = 49.23871794442488, celldm(2) = 1.201796131409272, celldm(3) = 2.53237849247774, nat = 1283, ntyp = 6, ecutwfc = 25, ecutrho = 250, / &ELECTRONS conv_thr = 1.D-6, mixing_beta = 0.6, / &IONS ion_dynamics = 'bfgs', / ATOMIC_SPECIES Zn 65.3799972534 Zn.pbe-van.UPF O 15.9989995956 O.pbe-van_ak.UPF C 12.0109996796 C.pbe-van_bm.UPF H 1.0080000162 H.pbe-van_ak.UPF N 14.0069999695 N.pbe-van_ak.UPF S 32.0600013733 S.pbe-van_bm.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal 。。。 K_POINTS automatic 1 1 1 0 0 0 一共1083个原子，太多了这里就省了，用的是64个cpu，480gb内存，下面是脚本： #!/bin/bash -l #PBS -N MPI #PBS -l walltime=100:00:00 #PBS -l select=4:ncpus=16:mem=120gb module load quantum/5.0.MPT cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -n 64 pw.x < ZnO-886-218.rx.in > ZnO-886-218.rx.out 是不是因为体系太大啊，谢谢了！！！ |
6楼2012-07-13 10:56:15
7楼2012-07-13 10:57:54
8楼2012-07-13 10:58:34
souledge
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1k多个原子？多到逆天了……一般DFT最多也就见过一两百原子的，并且就已经要求是非常强悍的机器了……这1k多个……64个核心算肯定不够…… 9楼2012-07-13 12:16:03
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嘿嘿 都逆天了阿，看来软件开发的空间还很大嘛。我看到下面文章中的体系也有上千原子啊： http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2012/jm/c1jm13605d |
10楼2012-07-13 12:23:18
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