| 查看: 2004 | 回复: 16 | |||
[求助]
氧化锌吸附染料的pwscf计算
|
|
我在对氧化锌吸附体系（8*8*6超晶格吸附染料）进行relax计算的时候，输出文件卡在开头一直没变，大家看看是什么问题啊，谢谢了。 输出文件结尾：不知道charge为什么会是负的。 number of k points= 1 cart. coord. in units 2pi/alat k( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000), wk = 2.0000000 Dense grid: 17475363 G-vectors FFT dimensions: ( 250, 250, 640) Smooth grid: 4421473 G-vectors FFT dimensions: ( 160, 160, 400) Largest allocated arrays est. size (Mb) dimensions Kohn-Sham Wavefunctions 706.11 Mb ( 8648, 5351) NL pseudopotentials 2054.32 Mb ( 8648,15568) Each V/rho on FFT grid 9.54 Mb ( 625000) Each G-vector array 2.08 Mb ( 273054) G-vector shells 0.96 Mb ( 125618) Largest temporary arrays est. size (Mb) dimensions Auxiliary wavefunctions 2824.43 Mb ( 8648,21404) Each subspace H/S matrix 279.52 Mb (4280,4280) Each Arrays for rho mixing 76.29 Mb ( 625000, 8) Initial potential from superposition of free atoms Check: negative starting charge= -0.562288 starting charge **********, renormalised to ********** negative rho (up, down): 0.562E+00 0.000E+00 Starting wfc are 6080 randomized atomic wfcs |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算与催化 |
» 猜你喜欢
312求调剂
已经有7人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有16人回复
-
280求调剂
已经有3人回复
-
266求调剂
已经有7人回复
-
工科材料085601 279求调剂
已经有5人回复
-
环境工程调剂
已经有8人回复
-
302求调剂
已经有9人回复
-
297求调剂
已经有4人回复
-
298-一志愿中国农业大学-求调剂
已经有4人回复
-
焦虑
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教pwscf计算吸附的问题
已经有4人回复
- 用quantum espresso 软件来计算染料分子吸附在cluster 表面后的光谱性能
已经有11人回复
- PWscf计算激发态能量
已经有13人回复
- PWscf计算homo lumo或者valence conduction band，问题已解决
已经有14人回复
- PWSCF计算PDOS时，选哪列数据？
已经有15人回复
- 【求助】pwscf计算中的warning要紧吗？如何消除呢？
已经有9人回复
- 【其他】Pwscf不能并行计算
已经有4人回复
- 【求助】PWSCF计算介电极化时为何出现如下提示？
已经有19人回复
- 【求助】用PWSCF中的LDA+U做反铁磁绝缘体系的弛豫计算
已经有23人回复
- 【求助】请教PWSCF晶体建模和自洽计算，不收敛
已经有21人回复
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2012-07-13 09:34:01
goldenfisher
金虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 3
- 应助: 55 (初中生)
- 贵宾: 0.153
- 金币: 5779.1
- 散金: 2908
- 红花: 21
- 帖子: 1552
- 在线: 351.5小时
- 虫号: 117764
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
3楼2012-07-13 10:01:16
frank_zhan
金虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 819.6
- 散金: 130
- 红花: 3
- 帖子: 577
- 在线: 136.4小时
- 虫号: 688836
- 注册: 2009-01-06
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
4楼2012-07-13 10:19:24
frank_zhan
金虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 819.6
- 散金: 130
- 红花: 3
- 帖子: 577
- 在线: 136.4小时
- 虫号: 688836
- 注册: 2009-01-06
- 性别: GG
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
5楼2012-07-13 10:20:35
|
大家好热心啊，下面是输入文件： &CONTROL calculation = 'relax', restart_mode = 'from_scratch', prefix = "ZnO-886-218", pseudo_dir = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo", outdir = "/home/n7388683/QE/tmp", / &SYSTEM ibrav = 4, celldm(1) = 49.23871794442488, celldm(2) = 1.201796131409272, celldm(3) = 2.53237849247774, nat = 1283, ntyp = 6, ecutwfc = 25, ecutrho = 250, / &ELECTRONS conv_thr = 1.D-6, mixing_beta = 0.6, / &IONS ion_dynamics = 'bfgs', / ATOMIC_SPECIES Zn 65.3799972534 Zn.pbe-van.UPF O 15.9989995956 O.pbe-van_ak.UPF C 12.0109996796 C.pbe-van_bm.UPF H 1.0080000162 H.pbe-van_ak.UPF N 14.0069999695 N.pbe-van_ak.UPF S 32.0600013733 S.pbe-van_bm.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal 。。。 K_POINTS automatic 1 1 1 0 0 0 一共1083个原子，太多了这里就省了，用的是64个cpu，480gb内存，下面是脚本： #!/bin/bash -l #PBS -N MPI #PBS -l walltime=100:00:00 #PBS -l select=4:ncpus=16:mem=120gb module load quantum/5.0.MPT cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -n 64 pw.x < ZnO-886-218.rx.in > ZnO-886-218.rx.out 是不是因为体系太大啊，谢谢了！！！ |
6楼2012-07-13 10:56:15
7楼2012-07-13 10:57:54
8楼2012-07-13 10:58:34
souledge
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +174 - 1ST强帖: 19
- 应助: 303 (大学生)
- 金币: 11306.4
- 散金: 1123
- 红花: 108
- 帖子: 2814
- 在线: 916.1小时
- 虫号: 941486
- 注册: 2010-01-12
- 专业: 结构陶瓷
- 管辖: 第一性原理
1k多个原子？多到逆天了……一般DFT最多也就见过一两百原子的，并且就已经要求是非常强悍的机器了……这1k多个……64个核心算肯定不够…… 9楼2012-07-13 12:16:03
|
嘿嘿 都逆天了阿，看来软件开发的空间还很大嘛。我看到下面文章中的体系也有上千原子啊： http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2012/jm/c1jm13605d |
10楼2012-07-13 12:23:18
