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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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[求助]
NVE系综的初始构型
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我的一个体系，跑完NVT达到温度平均值300K，跑完NPT，压力平均值为1bar,RMSD值为800多。我用NPT模拟产生的gro文件，作为NVE模拟的初始文件，跑完之后发现在NVE的整个模拟过程中，压力呈一条直线，至为-240bar. 这是NVE的输出信息 Energy Average Err.Est. RMSD Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- Temperature 300.006 0.00092 5.29188 0.0049759 (K) Energy Average Err.Est. RMSD Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- Pres. DC -214.126 0 0 4.45431e-11 (bar) 我怀疑是NPT模拟中压力是上下震动的（从RMSD看出），虽然压力平均值为1bar,但它产生的npt.gro文件实际上不是压力为1bar时的构型，体积不是压力为1bar时的应有体积，所以导致NVE模拟中压力不是1bar。 不知各位高手是否遇到过这种情况，可否指点一二，金币不多，聊表心意，谢谢。 |
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2楼2012-07-13 10:18:56