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llp159848

新虫 (小有名气)

[求助] 急求:怎样确定蛋白和肽有没有结合?

怎样确定一个4000多分子量的蛋白,是否与700多分子量的肽结合了?
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
llp159848: 金币+5 2012-07-14 20:21:22
引用回帖:
8楼: Originally posted by llp159848 at 2012-07-13 09:34:11
是蛋白比较贵,1mg1000多元。...

能买到还好啦。1 mg如果样品很纯已经很多了。而且分子量也不高。
如果蛋白分子量按4000kDa算,那么大概0.004ug-0.4 ug每个样就可以了。
  还是先查文献,4000kDa 能买到的蛋白,看看它与你的目标peptide或分子量相近类似peptide的binding有可能已经有人做过了。

  你算算人家可能用的量。
9楼2012-07-13 20:41:10
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houqian387

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
检测呗,L C -M S 看看有没有新峰出来,液相也可以啊,定性定量都很简单啊

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2012-07-11 17:50:35
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
soundhorizo: 金币+5, 感谢应助 ^^ 2012-07-11 21:58:54
简单的化,直接用MS检测。

  配置不同ratio的蛋白和肽,使用MALDI和ESI检测。
如果能检测到两个分子量之和,那么判断有可能结合了。

同时(或然后)做对比实验,比如配置相同的溶液,分别不含蛋白或者肽。

尤其是分子量小的肽,以免肽自身在某个浓度的溶液中形成multiplemer与其他小分子的complex,最后分子量与蛋白和肽的分子量之和类似。

MALDI可以直接检测到single charged的complex 峰。
ESI的化看机器的检测范围。如果检测范围小于4000,那么直接检测到的是multiple charged 的分子量,最后通过人工或机器deconvolution推到出single charged 的分子离子峰。

然后使用LC-MS 分离检测,如果LC-MS能够分离检测到,那么就可以做NMR。对特殊的hydrogen bond进行表征。

最后,还可以培养结合后蛋白和肽的共晶,使用X-ray检测。

总结,查相关类似文献。
3楼2012-07-11 21:44:41
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llp159848

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lzjessie_wlf at 2012-07-11 21:44:41
简单的化,直接用MS检测。

  配置不同ratio的蛋白和肽,使用MALDI和ESI检测。
如果能检测到两个分子量之和,那么判断有可能结合了。

同时(或然后)做对比实验,比如配置相同的溶液,分别不含蛋白或者肽。
...

非常感谢您的答案,但是做MS需要的量很多,而这种药品很贵,有没有用量比较少的方法呢?
4楼2012-07-12 10:12:21
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