应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 怎么利用PWSCF计算差分电荷密度
261/3返回列表123下一页
查看: 5174  |  回复: 25
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

frank_zhan

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么利用PWSCF计算差分电荷密度

各位亲虫们，
我想计算一个体系的差分电荷密度，但是不知道过程是怎样的？比如我计算一个SWNT上修饰金原子（Au）的团簇。我想计算这两者之间的电荷转移量。理论上是利用SWNT@Au体系的总电荷密度减掉SWNT和Au团簇的电荷密度。
请求虫友们指导个详细的过程，必有重谢！
谢谢。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理 第一性原理和电化学 第一性原理 第一性原理

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
1楼2012-07-07 15:28:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cj4566 at 2012-08-23 09:35:23
你好，我不太明白最开始的三个文件，是要建三个体系分别做scf计算然后算它们的电荷密度并相减吗？下面两个图是文章上的差分电荷密度图，是不是分别对吸附体系，氧化锌表面和有机分子进行scf计算，然后算它们的电荷 ...

对的，参数相同，然后相减。
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2012-08-23 09:39:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

joshie

新虫 (初入文坛)
还有一种差分计算方法，就是末体系电荷密度减去初始电荷密度（原子轨道的线性叠加），
关于初始电荷密度计算，保证和末状态原子位置一致，在进行scf计算，参数设置：startingwfc=‘atomtic’，代表从原子轨道出发进行简单的线性叠加。
具体可以参见 http://blog.sciencenet.cn/blog-345795-520730.html
赞一下(1人) 回复此楼
20楼2012-09-27 10:01:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

frank_zhan

金虫 (正式写手)
哪位虫友来回答一下，必有重酬啊。
赞一下 回复此楼
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
2楼2012-07-09 11:44:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
frank_zhan: 金币+10, ★有帮助, 谢谢指导，我先试试，假如可以的话，我会继续给金币的，哈哈。 2012-07-09 14:28:45
uuv2010: 金币+1, 多谢提示 2012-07-11 11:44:59
先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。
过程：
scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho
scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho
scf3.in, ->rho3.in得到ppn3.rho
最后算dif.rho.in:
  /
&plot
    nfile = 3,
    filepp(1) = 'ppn1.fpl',
    filepp(2) = 'ppn2.fpl',
    filepp(3) = 'ppn3.fpl',
    weight(1) = 1.0,
    weight(2) = -1.0,
    weight(3) = -1.0,
    iflag = 3,
    output_format = 5,
    fileout = 'ppn_diff.rho',
/
得到差分密度文件ppn_diff.rho和ppn_diff.xsf，其中ppn_diff.xsf可以用xcrysden画差分电荷密度图。
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-09 12:50:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huazhorg at 2012-07-09 12:50:28
先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。
过程：
scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho
scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho
scf3.in, ->r ...

谢谢仁兄的回复。不过我还有一个问题。就是你写的那个scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho，是表示什么。我知道第一个SCF1是表示对总的体系进行自洽计算，然后rho1.in是什么呢，这个我不太熟啊。能否指导一下。谢谢。
赞一下 回复此楼
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
4楼2012-07-09 14:37:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-07-09 15:32:51
引用回帖:
4楼: Originally posted by frank_zhan at 2012-07-09 14:37:15
谢谢仁兄的回复。不过我还有一个问题。就是你写的那个scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho，是表示什么。我知道第一个SCF1是表示对总的体系进行自洽计算，然后rho1.in是什么呢，这个我不太熟啊。能否指导一下。 ...

ppn1.rho,ppn2.rho,ppn3.rho都是电荷密度文件，是最后一步用来做减法所要用到的。rho1.in是计算电荷密度，计算完成后就会产生一个ppn1.rho文件。
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-09 14:52:51
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huazhorg at 2012-07-09 12:50:28
先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。
过程：
scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho
scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho
scf3.in, ->r ...

请问最后dif.rho.in文件中不需要设置&inputpp这个namelist么？直接设置&plot下面的参数？
谢谢？
赞一下 回复此楼
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
6楼2012-07-11 10:43:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
uuv2010: 金币+1, 多谢提示 2012-07-11 11:45:19
frank_zhan: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢回复。 2012-07-12 09:45:41
frank_zhan: 金币+10, ★★★很有帮助, 好像那样写输入文件不行的。不过还是谢谢你。我现在把算到的所有的.rho的结果手动的利用matlab去处理，然后在利用xcrysden去画图，还挺好用的。 2012-07-17 09:49:08
引用回帖:
6楼: Originally posted by frank_zhan at 2012-07-11 10:43:14
请问最后dif.rho.in文件中不需要设置&inputpp这个namelist么？直接设置&plot下面的参数？
谢谢？...

不用，就那样设置，这是个完整的输入文件，可以运行。
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-11 11:29:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huazhorg at 2012-07-09 12:50:28
先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。
过程：
scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho
scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho
scf3.in, ->r ...

你好，我不太明白最开始的三个文件，是要建三个体系分别做scf计算然后算它们的电荷密度并相减吗？下面两个图是文章上的差分电荷密度图，是不是分别对吸附体系，氧化锌表面和有机分子进行scf计算，然后算它们的电荷密度？如果这样的话，ecut和kpoint都用一样吧，望赐教，谢谢！！！

吸附图



差分电荷密度图
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-23 09:35:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by cj4566 at 2012-08-23 09:35:23
你好，我不太明白最开始的三个文件，是要建三个体系分别做scf计算然后算它们的电荷密度并相减吗？下面两个图是文章上的差分电荷密度图，是不是分别对吸附体系，氧化锌表面和有机分子进行scf计算，然后算它们的电荷 ...

对的，但是保证这3个体系的位置不变，也就是说你可以先优化好结构，然后删掉不要的体系，比如优化好后要计算ZnO的话，可以在优化好的结构里直接删掉有机分子，对于计算有机分子，步骤是一样的，只是删掉ZnO而已。
赞一下 回复此楼
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
10楼2012-08-23 10:17:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 frank_zhan 的主题更新
261/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭