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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 怎么利用PWSCF计算差分电荷密度
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by joshie at 2012-09-27 10:01:38
还有一种差分计算方法，就是末体系电荷密度减去初始电荷密度（原子轨道的线性叠加），
关于初始电荷密度计算，保证和末状态原子位置一致，在进行scf计算，参数设置：startingwfc=‘atomtic’，代表从原子轨道出发进 ...

joshie简直是火山喷发呵.欢迎指教.
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frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
21楼2012-09-27 22:13:24
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huazhorg at 2012-07-09 12:50:28
先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。
过程：
scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho
scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho
scf3.in, ->rho3.in得到pp ...

你好，仁兄，最近在做那个查分电荷密度的计算，发现一些问题，请教这位仁兄。我的输入文件如下（省掉了原子的坐标部分）：
第一步，计算3个体系的的scf:

SWNT-Au.scf.in
&control
    calculation = 'scf'
    prefix= 'SWNT-Au'
    pseudo_dir = '/home/pseudo',
    outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
/
&system
....
/

SWNT.scf.in
&control
    calculation = 'scf'
    prefix= 'SWNT'
    pseudo_dir = '/home/pseudo',
    outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
/
&system
...
/

Au.scf.in
&control
    calculation = 'scf'
    prefix= 'Au'
    pseudo_dir = '/home/pseudo',
    outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
/
&system
...
/

第二部. 计算3个体系的电荷密度(using pp.x):
SWNT-Au.rho.in
&inputpp
    prefix= 'SWNT-Au'
    outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
filplot = 'SWNT-Au'
plot_num= 0
spin_component=0
/
&plot
nfile = 1
filepp(1) = 'SWNT-Au'
weight(1) = 1.0
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'SWNT-Au.rho.dat'
/

SWNT.rho.in
&inputpp
    prefix= 'SWNT'
  outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
filplot = 'SWNT'
plot_num= 0
spin_component=0
/
&plot
nfile = 1
filepp(1) = 'SWNT'
weight(1) = 1.0
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'SWNT.rho.dat'
/

Au.rho.in
&inputpp
prefix='Au'
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
filplot = 'Au'
plot_num= 0
spin_component=0
/
&plot
nfile = 1
filepp(1) = 'Au'
weight(1) = 1.0
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'Au.rho.dat'
/

第三步.计算差分电荷密度(using pp.x):

SWNT-Au.rho_diff.in
&inputpp

/
&plot
nfile = 3
filepp(1) = 'SWNT-Au.rho.dat'
weight(1) = 1.0
filepp(2)= 'SWNT.rho.dat'
weight(2)= -1
filepp(3)= 'Au.rho.dat'
weight(3)= -1
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'SWNT-Au.rho_diff.dat'
/

所以的第一步和第二部分的计算都成功了，但是计算最后的差分电荷密度的的时候，结果SWNT-Au.rho_diff.out:  Reading header from file  SWNT-Au.rho.dat. 也就是根本没有进行计算就退出了。
请仁兄给点建议，金币的话可以追加的，谢谢。
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frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
22楼2013-07-03 21:15:35
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by frank_zhan at 2013-07-03 21:15:35
你好，仁兄，最近在做那个查分电荷密度的计算，发现一些问题，请教这位仁兄。我的输入文件如下（省掉了原子的坐标部分）：
第一步，计算3个体系的的scf:

SWNT-Au.scf.in
&control
    calculation = 'sc ...

一共有7步，貌似你的步骤不全吧。
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23楼2013-07-06 14:58:44
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wangqj1

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by joshie at 2012-09-27 10:01:38
还有一种差分计算方法，就是末体系电荷密度减去初始电荷密度（原子轨道的线性叠加），
关于初始电荷密度计算，保证和末状态原子位置一致，在进行scf计算，参数设置：startingwfc=‘atomtic’，代表从原子轨道出发进 ...

“在进行scf计算，参数设置：startingwfc=‘atomtic’，代表从原子轨道出发进行简单的线性叠加.”？ 应该是nscf
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24楼2016-10-14 10:42:49
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晋晋高高

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by frank_zhan at 2012-08-23 10:17:19
对的，但是保证这3个体系的位置不变，也就是说你可以先优化好结构，然后删掉不要的体系，比如优化好后要计算ZnO的话，可以在优化好的结构里直接删掉有机分子，对于计算有机分子，步骤是一样的，只是删掉ZnO而已。...

请问，留下要算的体系后，是不是相应的晶格类型，晶格常数也要改变，还是说只需要删除不要的体系，其他参数不改变，谢谢回复
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25楼2016-12-16 20:33:51
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1327744130

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
22楼: Originally posted by frank_zhan at 2013-07-03 21:15:35
你好，仁兄，最近在做那个查分电荷密度的计算，发现一些问题，请教这位仁兄。我的输入文件如下（省掉了原子的坐标部分）：
第一步，计算3个体系的的scf:

SWNT-Au.scf.in
&control
    calculation = 'sc ...

请问怎么看输出的电荷密度图，谢谢
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26楼2017-03-28 11:43:23
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