怎么利用PWSCF计算差分电荷密度 - 第一性原理 - QE(Pwscf) - 第3页小木虫论坛-学术科研互动平台

frank_zhan,zy2zhan@gmail.com

21楼2012-09-27 22:13:24

frank_zhan

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3楼: Originally posted by huazhorg at 2012-07-09 12:50:28
先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。
过程：
scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho
scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho
scf3.in, ->rho3.in得到pp ...

你好，仁兄，最近在做那个查分电荷密度的计算，发现一些问题，请教这位仁兄。我的输入文件如下（省掉了原子的坐标部分）：
第一步，计算3个体系的的scf:

SWNT-Au.scf.in
&control
calculation = 'scf'
prefix= 'SWNT-Au'
pseudo_dir = '/home/pseudo',
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
/
&system
....
/

SWNT.scf.in
&control
calculation = 'scf'
prefix= 'SWNT'
pseudo_dir = '/home/pseudo',
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
/
&system
...
/

Au.scf.in
&control
calculation = 'scf'
prefix= 'Au'
pseudo_dir = '/home/pseudo',
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
/
&system
...
/

第二部. 计算3个体系的电荷密度(using pp.x):
SWNT-Au.rho.in
&inputpp
prefix= 'SWNT-Au'
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
filplot = 'SWNT-Au'
plot_num= 0
spin_component=0
/
&plot
nfile = 1
filepp(1) = 'SWNT-Au'
weight(1) = 1.0
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'SWNT-Au.rho.dat'
/

SWNT.rho.in
&inputpp
prefix= 'SWNT'
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
filplot = 'SWNT'
plot_num= 0
spin_component=0
/
&plot
nfile = 1
filepp(1) = 'SWNT'
weight(1) = 1.0
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'SWNT.rho.dat'
/

Au.rho.in
&inputpp
prefix='Au'
outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp'
filplot = 'Au'
plot_num= 0
spin_component=0
/
&plot
nfile = 1
filepp(1) = 'Au'
weight(1) = 1.0
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'Au.rho.dat'
/

第三步.计算差分电荷密度(using pp.x):

SWNT-Au.rho_diff.in
&inputpp

/
&plot
nfile = 3
filepp(1) = 'SWNT-Au.rho.dat'
weight(1) = 1.0
filepp(2)= 'SWNT.rho.dat'
weight(2)= -1
filepp(3)= 'Au.rho.dat'
weight(3)= -1
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'SWNT-Au.rho_diff.dat'
/

所以的第一步和第二部分的计算都成功了，但是计算最后的差分电荷密度的的时候，结果SWNT-Au.rho_diff.out: Reading header from file SWNT-Au.rho.dat. 也就是根本没有进行计算就退出了。
请仁兄给点建议，金币的话可以追加的，谢谢。

frank_zhan,zy2zhan@gmail.com

22楼2013-07-03 21:15:35

huazhorg

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引用回帖:

22楼: Originally posted by frank_zhan at 2013-07-03 21:15:35
你好，仁兄，最近在做那个查分电荷密度的计算，发现一些问题，请教这位仁兄。我的输入文件如下（省掉了原子的坐标部分）：
第一步，计算3个体系的的scf:

SWNT-Au.scf.in
&control
calculation = 'sc ...

一共有7步，貌似你的步骤不全吧。

23楼2013-07-06 14:58:44

wangqj1

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引用回帖:

“在进行scf计算，参数设置：startingwfc=‘atomtic’，代表从原子轨道出发进行简单的线性叠加.”？应该是nscf

24楼2016-10-14 10:42:49

晋晋高高

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10楼: Originally posted by frank_zhan at 2012-08-23 10:17:19
对的，但是保证这3个体系的位置不变，也就是说你可以先优化好结构，然后删掉不要的体系，比如优化好后要计算ZnO的话，可以在优化好的结构里直接删掉有机分子，对于计算有机分子，步骤是一样的，只是删掉ZnO而已。...

请问，留下要算的体系后，是不是相应的晶格类型，晶格常数也要改变，还是说只需要删除不要的体系，其他参数不改变，谢谢回复

25楼2016-12-16 20:33:51

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请问怎么看输出的电荷密度图，谢谢

26楼2017-03-28 11:43:23