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frank_zhan金虫 (正式写手)
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怎么利用PWSCF计算差分电荷密度
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各位亲虫们， 我想计算一个体系的差分电荷密度，但是不知道过程是怎样的？比如我计算一个SWNT上修饰金原子（Au）的团簇。我想计算这两者之间的电荷转移量。理论上是利用SWNT@Au体系的总电荷密度减掉SWNT和Au团簇的电荷密度。 请求虫友们指导个详细的过程，必有重谢！ 谢谢。 |
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frank_zhan
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你好，仁兄，最近在做那个查分电荷密度的计算，发现一些问题，请教这位仁兄。我的输入文件如下（省掉了原子的坐标部分）： 第一步，计算3个体系的的scf: SWNT-Au.scf.in &control calculation = 'scf' prefix= 'SWNT-Au' pseudo_dir = '/home/pseudo', outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp' / &system .... / SWNT.scf.in &control calculation = 'scf' prefix= 'SWNT' pseudo_dir = '/home/pseudo', outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp' / &system ... / Au.scf.in &control calculation = 'scf' prefix= 'Au' pseudo_dir = '/home/pseudo', outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp' / &system ... / 第二部. 计算3个体系的电荷密度(using pp.x): SWNT-Au.rho.in &inputpp prefix= 'SWNT-Au' outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp' filplot = 'SWNT-Au' plot_num= 0 spin_component=0 / &plot nfile = 1 filepp(1) = 'SWNT-Au' weight(1) = 1.0 iflag = 3 output_format = 5 fileout = 'SWNT-Au.rho.dat' / SWNT.rho.in &inputpp prefix= 'SWNT' outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp' filplot = 'SWNT' plot_num= 0 spin_component=0 / &plot nfile = 1 filepp(1) = 'SWNT' weight(1) = 1.0 iflag = 3 output_format = 5 fileout = 'SWNT.rho.dat' / Au.rho.in &inputpp prefix='Au' outdir= 'mypath/SWNT-Au/tmp' filplot = 'Au' plot_num= 0 spin_component=0 / &plot nfile = 1 filepp(1) = 'Au' weight(1) = 1.0 iflag = 3 output_format = 5 fileout = 'Au.rho.dat' / 第三步.计算差分电荷密度(using pp.x): SWNT-Au.rho_diff.in &inputpp / &plot nfile = 3 filepp(1) = 'SWNT-Au.rho.dat' weight(1) = 1.0 filepp(2)= 'SWNT.rho.dat' weight(2)= -1 filepp(3)= 'Au.rho.dat' weight(3)= -1 iflag = 3 output_format = 5 fileout = 'SWNT-Au.rho_diff.dat' / 所以的第一步和第二部分的计算都成功了，但是计算最后的差分电荷密度的的时候，结果SWNT-Au.rho_diff.out: Reading header from file SWNT-Au.rho.dat. 也就是根本没有进行计算就退出了。 请仁兄给点建议，金币的话可以追加的，谢谢。 |
22楼2013-07-03 21:15:35
frank_zhan
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2楼2012-07-09 11:44:23
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【答案】应助回帖
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frank_zhan: 金币+10, ★有帮助, 谢谢指导，我先试试，假如可以的话，我会继续给金币的，哈哈。 2012-07-09 14:28:45
uuv2010: 金币+1, 多谢提示 2012-07-11 11:44:59
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先算SWNT@Au的电荷密度，再算SWNT@Au-Au的电荷密度，再算SWNT@Au-SWNT的电荷密度，然后用前者减去后两者。 过程： scf1.in，->rho1.in->得到ppn1.rho scf2.in, ->rho2.in得到ppn2.rho scf3.in, ->rho3.in得到ppn3.rho 最后算dif.rho.in: / &plot nfile = 3, filepp(1) = 'ppn1.fpl', filepp(2) = 'ppn2.fpl', filepp(3) = 'ppn3.fpl', weight(1) = 1.0, weight(2) = -1.0, weight(3) = -1.0, iflag = 3, output_format = 5, fileout = 'ppn_diff.rho', / 得到差分密度文件ppn_diff.rho和ppn_diff.xsf，其中ppn_diff.xsf可以用xcrysden画差分电荷密度图。 |
3楼2012-07-09 12:50:28
frank_zhan
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