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DMandMD

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何从PDB数据库中选择合适的靶标

做一个对接。老板只告诉是EGFR做靶标,具体很多都没说。结果在PDB数据库上随便一搜,Epidermal Growth Factor Receptor出来上百个。请问高手如何从中选择自己合适的药物靶标?我的配体是个两个苯环的小分子……
具体的流程如何呢?
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wendaoliuxu

捐助贵宾 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-28 11:18:38
计算机辅助药物设计里专门有一章就是讲EGFR的,你可以参考下……
楼上讲废话,用人类的是必须的……
有时间就看PDB的原始文献,是什么条件下做的晶体……
最好找和你的配体是类似的那种晶体……
其他的我也不太清楚,希望高手出现……
whowantstobemy"ErwinSchrodinger'sCat"?
4楼2012-06-28 09:19:35
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wangtj198781

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-28 09:09:37
晶体结构最好选人的,分辨力越高越好,最好多分析几个晶体结构。,!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
工作使我快乐
2楼2012-06-27 23:10:44
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 菜兄说的在理 2012-06-28 10:53:08
DMandMD: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-05 08:33:14
EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外:
1、分清是active or inactive类型。
2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。

Active类型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZeneca

PDB:1M17
Tarceva®, Erlotinib, (OSI-774)
OSI / Genentech / Roche

Inactive类型
PDB:1XKK
Lapatinib, Tykerb®, (GW 572016)
GSK

PDB:2JIV
Neratinib, (HKI-272, CPD-820)
Wyeth
3楼2012-06-28 09:17:09
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PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-28 09:17:09
EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外:
1、分清是active or inactive类型。
2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。

Active类型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZenec ...

怎么看是active or not?

谢谢!
6楼2012-06-28 10:30:47
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