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DMandMD

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何从PDB数据库中选择合适的靶标

做一个对接。老板只告诉是EGFR做靶标，具体很多都没说。结果在PDB数据库上随便一搜，Epidermal Growth Factor Receptor出来上百个。请问高手如何从中选择自己合适的药物靶标？我的配体是个两个苯环的小分子……
具体的流程如何呢？
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1楼 2012-06-27 21:17:13
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wangtj198781

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-28 09:09:37
晶体结构最好选人的，分辨力越高越好，最好多分析几个晶体结构。，！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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工作使我快乐
2楼2012-06-27 23:10:44
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 菜兄说的在理 2012-06-28 10:53:08
DMandMD: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-05 08:33:14
EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外：
1、分清是active or inactive类型。
2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。

Active类型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZeneca

PDB:1M17
Tarceva®, Erlotinib, (OSI-774)
OSI / Genentech / Roche

Inactive类型
PDB:1XKK
Lapatinib, Tykerb®, (GW 572016)
GSK

PDB:2JIV
Neratinib, (HKI-272, CPD-820)
Wyeth
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3楼2012-06-28 09:17:09
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wendaoliuxu

捐助贵宾 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-28 11:18:38
计算机辅助药物设计里专门有一章就是讲EGFR的，你可以参考下……
楼上讲废话，用人类的是必须的……
有时间就看PDB的原始文献，是什么条件下做的晶体……
最好找和你的配体是类似的那种晶体……
其他的我也不太清楚，希望高手出现……
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whowantstobemy"ErwinSchrodinger'sCat"?
4楼2012-06-28 09:19:35
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mumun

新虫 (小有名气)
关注！
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5楼2012-06-28 10:03:48
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-28 09:17:09
EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外：
1、分清是active or inactive类型。
2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。

Active类型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZenec ...

怎么看是active or not?

谢谢！
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6楼2012-06-28 10:30:47
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DMandMD

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-28 09:17:09
EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外：
1、分清是active or inactive类型。
2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。

Active类型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZenec ...

你的意思是，区分激酶和非激酶？
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7楼2012-06-28 10:41:53
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DMandMD

金虫 (初入文坛)
可EGFR本身就是激酶啊……不懂中……
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8楼2012-06-28 12:09:25
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-28 15:41:46
DMandMD: 金币+1, ★有帮助 2012-07-05 08:33:32
先看看激酶类抑制剂的文章，了解什么是inactive 和active  什么是DFG。前人做过很多这方面的工作了，你还什么都不清楚：）所以先读文献，向他们学习后，你才知道你要怎么做。
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9楼2012-06-28 15:34:39
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DMandMD

金虫 (初入文坛)
我的意思，是问一个基本的找靶标的思路啊。看前人文献，汗呀，老板也这么说，但实际我怀疑他也不懂额……莫非caixin5120也是老板呀呵呵……
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10楼2012-06-29 09:25:34
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