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DMandMD

金虫 (初入文坛)

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[求助] 如何从PDB数据库中选择合适的靶标

做一个对接。老板只告诉是EGFR做靶标，具体很多都没说。结果在PDB数据库上随便一搜，Epidermal Growth Factor Receptor出来上百个。请问高手如何从中选择自己合适的药物靶标？我的配体是个两个苯环的小分子……
具体的流程如何呢？

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1楼2012-06-27 21:17:13

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caixin5120

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 菜兄说的在理 2012-06-28 10:53:08
DMandMD: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-05 08:33:14

EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外：
1、分清是active or inactive类型。
2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。

Active类型
PDB:2ITY
Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839)
AstraZeneca

PDB:1M17
Tarceva®, Erlotinib, (OSI-774)
OSI / Genentech / Roche

Inactive类型
PDB:1XKK
Lapatinib, Tykerb®, (GW 572016)
GSK

PDB:2JIV
Neratinib, (HKI-272, CPD-820)
Wyeth