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如何从PDB数据库中选择合适的靶标
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做一个对接。老板只告诉是EGFR做靶标，具体很多都没说。结果在PDB数据库上随便一搜，Epidermal Growth Factor Receptor出来上百个。请问高手如何从中选择自己合适的药物靶标？我的配体是个两个苯环的小分子…… 具体的流程如何呢？ |
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caixin5120 
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 菜兄说的在理 2012-06-28 10:53:08
DMandMD: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-05 08:33:14
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zh1987hs: 金币+5, 菜兄说的在理 2012-06-28 10:53:08
DMandMD: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-05 08:33:14
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EGFr的晶体结构选择除了楼上说的选人的和分辨率高的外： 1、分清是active or inactive类型。 2、选择配体结构类似的蛋白晶体结构。 Active类型 PDB:2ITY Iressa®, Gefitinib, (ZD-1839) AstraZeneca PDB:1M17 Tarceva®, Erlotinib, (OSI-774) OSI / Genentech / Roche Inactive类型 PDB:1XKK Lapatinib, Tykerb®, (GW 572016) GSK PDB:2JIV Neratinib, (HKI-272, CPD-820) Wyeth |
3楼2012-06-28 09:17:09
wangtj198781
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2楼2012-06-27 23:10:44
wendaoliuxu
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4楼2012-06-28 09:19:35
PSA
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6楼2012-06-28 10:30:47
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