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nongdaylf

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于密码子偏好性问题、密码子优化问题~~ 已有1人参与

原因:本人的核苷酸序列没有合成的时候没有优化密码子,大小是800Kb,开头已经优化一部分,中间的主要部分没有优化。
求解答:1.除了重新合成,还有没有其他的办法;
              2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量,是否有这么一说,如果不是40个是多少,大约能够提高多少表达量。(希望能有相关网站和文章)。
              3.如果不在优化密码子会有多大的差距性,表达量会影响多少。
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小白
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

不进行密码子优化的话,表达量会有影响,同时也要考虑RNA的结构,虽然我不知道怎么优化RNA结构的。。。
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-07-15 13:48:47
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l68266152

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+3, MicEPI+1, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-06-19 19:48:26
nongdaylf: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-06-20 10:42:11
1.除了重新合成,还有没有其他的办法;
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量,是否有这么一说,如果不是40个是多少,大约能够提高多少表达量。(希望能有相关网站和文章)。
有这说法,这是经验值。如果前几个密码子使用率很低的话会不表达。
3.如果不在优化密码子会有多大的差距性,表达量会影响多少。
每段序列不一样的。

不知道你用什么系统表达,我们选用了密码子优化的大肠杆菌表达系统,表达效果更好。
相信自己
2楼2012-06-19 13:46:25
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nongdaylf

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-19 13:46:25
1.除了重新合成,还有没有其他的办法;
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量,是否有这么一说,如果不是40个是多少,大约能够提高多少表达量。(希望能有相关网站和文章) ...

我需要用的是拟南芥偏好的,但是这个用的是大肠杆菌偏好的。
第二种说法,是前40个么,是碱基还是氨基酸。
小白
3楼2012-06-19 14:36:22
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nongdaylf

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-19 13:46:25
1.除了重新合成,还有没有其他的办法;
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量,是否有这么一说,如果不是40个是多少,大约能够提高多少表达量。(希望能有相关网站和文章) ...

我需要用的是拟南芥偏好的,但是这个用的是大肠杆菌偏好的。
第二种说法,是前40个么,是碱基还是氨基酸。
小白
4楼2012-06-19 14:36:36
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