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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于密码子偏好性问题、密码子优化问题~~
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nongdaylf

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于密码子偏好性问题、密码子优化问题~~ 已有1人参与

原因：本人的核苷酸序列没有合成的时候没有优化密码子，大小是800Kb，开头已经优化一部分，中间的主要部分没有优化。
求解答：1.除了重新合成，还有没有其他的办法；
              2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量，是否有这么一说，如果不是40个是多少，大约能够提高多少表达量。（希望能有相关网站和文章）。
              3.如果不在优化密码子会有多大的差距性，表达量会影响多少。
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小白
1楼 2012-06-19 10:13:04
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l68266152

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, MicEPI+1, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-06-19 19:48:26
nongdaylf: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-06-20 10:42:11
1.除了重新合成，还有没有其他的办法；
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量，是否有这么一说，如果不是40个是多少，大约能够提高多少表达量。（希望能有相关网站和文章）。
有这说法，这是经验值。如果前几个密码子使用率很低的话会不表达。
3.如果不在优化密码子会有多大的差距性，表达量会影响多少。
每段序列不一样的。

不知道你用什么系统表达，我们选用了密码子优化的大肠杆菌表达系统，表达效果更好。
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相信自己
2楼2012-06-19 13:46:25
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nongdaylf

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-19 13:46:25
1.除了重新合成，还有没有其他的办法；
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量，是否有这么一说，如果不是40个是多少，大约能够提高多少表达量。（希望能有相关网站和文章） ...

我需要用的是拟南芥偏好的，但是这个用的是大肠杆菌偏好的。
第二种说法，是前40个么，是碱基还是氨基酸。
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小白
3楼2012-06-19 14:36:22
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nongdaylf

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-19 13:46:25
1.除了重新合成，还有没有其他的办法；
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量，是否有这么一说，如果不是40个是多少，大约能够提高多少表达量。（希望能有相关网站和文章） ...

我需要用的是拟南芥偏好的，但是这个用的是大肠杆菌偏好的。
第二种说法，是前40个么，是碱基还是氨基酸。
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小白
4楼2012-06-19 14:36:36
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

不进行密码子优化的话，表达量会有影响，同时也要考虑RNA的结构，虽然我不知道怎么优化RNA结构的。。。
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
5楼2015-07-15 13:48:47
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小星星大能量

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-19 13:46:25
1.除了重新合成，还有没有其他的办法；
点突变需要优化的位点
2.听说氨基酸序列只要优化前40个就可以提高一定的表达量，是否有这么一说，如果不是40个是多少，大约能够提高多少表达量。（希望能有相关网站和文章） ...

你好，突变前几个氨基酸密码子能提高表达的文献你能给我一些线索吗？我想讨教一下。
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物而不物，故能物物。
6楼2016-03-15 16:41:49
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