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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问如何进行蛋白突变体不同温度下稳定性的分子模拟
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dw5601

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何进行蛋白突变体不同温度下稳定性的分子模拟

小虫最近在做定点突变提高酶的热稳定性实验。我先通过蛋白序列比对找了两个突变位点，进行了突变，发现突变后蛋白半衰期（热稳定性）提高了2倍，结果还行。所以想整理一下资料看看能不能发个文章。但是，我发现，国外好多文章都是先用DS等软件进行分析，找到不稳定区域，然后再找突变位点，并且进行MD模拟，计算不同温度下的突变体及原来蛋白RMSD，甚至还计算单个残基的RMSD。这样写好像档次提升了很多。我也想做点这方面的东西，但是不知从何入手。用什么软件，怎样操作？请问哪位站友能给小弟指点一下。
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1楼 2012-06-14 09:34:01
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-06-16 08:08:31
如果你问的这些仅仅是用软件点点鼠标操作一下，那文章也不会提高到你说的那个档次的。
真的想做的话，从头学吧。很多基础的东西都得明白，否则做错了也不知道错哪。
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3楼2012-06-16 00:20:24
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dw5601

新虫 (小有名气)
对了，我还想对突变体做个Docking，要求是寡糖或者多糖，请问如何操作？再次表示感谢
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2楼2012-06-14 09:41:27
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