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小小虫2012

新虫 (初入文坛)

[求助] RNA 电泳图

这两张图片是我最近做的果实总RNA提取的电泳图,不知道是什么原因最上面都出现了一条带,希望高手能帮我指点指点,还有从图上可以看到的其他问题也希望帮我一并指出,不胜感激。注:5ulRNA溶液+1ul Loading Buffer    110V   40分钟





[ Last edited by 小小虫2012 on 2012-6-1 at 12:17 ]
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 欢迎常来,呵呵~ 2012-06-02 10:32:33
上面那条带应该是基因组dna污染。
正确的步骤应该是跑胶之前,先定一下量,调整好浓度才跑胶,并且要关注A260/280比值。
你的RNA首先太浓,上样太多,其次有降解,不能算是合格的rna,需要继续努力
2楼2012-06-01 14:26:23
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小小虫2012

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-01 14:26:23
上面那条带应该是基因组dna污染。
正确的步骤应该是跑胶之前,先定一下量,调整好浓度才跑胶,并且要关注A260/280比值。
你的RNA首先太浓,上样太多,其次有降解,不能算是合格的rna,需要继续努力

首先要谢谢你,我还不是很明白为什么会有基因组的污染,我是CTAB法提的RNA,用12M 的LiCl沉降RNA12小时,以前做的时候没有出现基因组的污染,不知道这是不是因为沉降时间太久了?关于RNA浓度的问题我想了解一下大概什么个范围算好,就此图而言,是不是加样31ul 就好了?非常感谢
3楼2012-06-01 16:39:32
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

去除基因组DNA污染,可以加DNase消化除去之;
你定量的时候看看浓度,其实RNA能有个几十ng就足足可以在胶上看到了,太多了也浪费
4楼2012-06-01 16:56:22
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小小虫2012

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-01 16:56:22
去除基因组DNA污染,可以加DNase消化除去之;
你定量的时候看看浓度,其实RNA能有个几十ng就足足可以在胶上看到了,太多了也浪费

非常感谢还有一处,RNA沉淀易溶于DEPC水中吗?
5楼2012-06-01 17:24:58
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linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 欢迎常来交流~ 2012-06-02 10:32:20
你提的RNA严重降解了,RNA本来就要用DEPC水溶解,否则容易降解。你的LiCl浓度用的还是有点高 ,我们一般都用8M就足够了!关于基因组DNA,你可以用DNA酶消化,再抽提就可以了
6楼2012-06-01 21:24:46
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匿名

用户注销 (正式写手)


感谢参与,应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+1, 这样的电泳条件会有什么惊喜呢? 2012-06-02 10:33:12
本帖仅楼主可见
7楼2012-06-01 22:40:40
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