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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » There was 1 error in input file(s)在gromacs中是什么错误？
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

[求助] There was 1 error in input file(s)在gromacs中是什么错误？

由于刚学GMX，按照一个教程上的步骤模拟纳米管的水输运行为，我做的步骤如下：
第一步：由MS建立（6,6）144碳纳米管，之后用gaussian转换为pdb文件格式。
第二步：在gmxl力场文件中建立了n2t文件，指定纳米管的成键，并在ffbon.itp文件中添加了碳纳米管的一系列成键参数。
第三步：用g_x2top -f cnt.pdb -o swnt_6_6_144.top -ff gmx 生成top文件。
第三步：建立盒子，生成gro文件，命令为：editconf -f cnt.pdb -o cnt.gro -c -box a b c
第四步：加水genbox -cp cnt.gro -cs -o swnt_6_6_144_b4em.gro -p swnt_6_6_144.top
第五步：grompp -f em.mdp -c swnt_6_6_144_b4em.gro -p swnt_6_6_144.top -o index
在此出现错误，信息如下：
processing coordinates...
Warning: atom name 1 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (1 - C)
Warning: atom name 2 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (2 - C)
Warning: atom name 3 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (3 - C)
Warning: atom name 4 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (4 - C)
Warning: atom name 5 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (5 - C)
Warning: atom name 6 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (6 - C)
Warning: atom name 7 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (7 - C)
Warning: atom name 8 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (8 - C)
Warning: atom name 9 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (9 - C)
Warning: atom name 10 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (10 - C)
Warning: atom name 11 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (11 - C)
Warning: atom name 12 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (12 - C)
Warning: atom name 13 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (13 - C)
Warning: atom name 14 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (14 - C)
Warning: atom name 15 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (15 - C)
Warning: atom name 16 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (16 - C)
Warning: atom name 17 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (17 - C)
Warning: atom name 18 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (18 - C)
Warning: atom name 19 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (19 - C)
Warning: atom name 20 in SWNT_6_6_144.top and SWNT_6_6_144_b4em.gro does not match (20 - C)
(more than 20 non-matching atom names)

WARNING 1 [file SWNT_6_6_144.top, line 1537]:
  144 non-matching atom names
  atom names from SWNT_6_6_144.top will be used
  atom names from SWNT_6_6_144_b4em.gro will be ignored


double-checking input for internal consistency...

There was 1 note

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1372

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
不知错误如何解决，若能解决，不胜感激，附上gro和top文件以及mdp文件。
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1楼 2012-05-20 15:42:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-20 16:39:56
zxy964777869: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-20 16:50:57
这个警告的意思是说你的坐标文件（gro）中的原子名称和拓扑文件（top）中的原子名称不一致，模拟将会使用拓扑文件中的名称。
你仔细检查你的坐标文件中的原子顺序与拓扑文件是否一一对应，如果是对应，而且你让这些原子的名字按照拓扑中的名字来，这个警告可以忽略不管！

你的这个警告可以忽略

只是有2点儿不明：
1、为何你的gro文件中的resid 从0开始？我模拟的一般都是从1开始
2、为何你的gro文件中碳纳米管没有 resname ?

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-5-20 at 16:15 ]
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2楼2012-05-20 16:02:24
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-20 16:02:24:
这个警告的意思是说你的坐标文件（gro）中的原子名称和拓扑文件（top）中的原子名称不一致，模拟将会使用拓扑文件中的名称。
你仔细检查你的坐标文件中的原子顺序与拓扑文件是否一一对应，如果是对应，而且你让这 ...

十分感谢你的应答，这两点我也不是很清楚，我对从gauss得到的pdb坐标文件，直接用editconf命令将其转换到gro文件，gro文件的第一列就全是0.
我想问下:resid和resname通过编程随便指定一个力场可识别的residue name，对结果会不会有影响？必须得在力场中的那个rtp文件中找到相应的residue并添加上C原子么？
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3楼2012-05-20 16:50:32
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