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vallen

银虫 (正式写手)

[求助] 怎样在做MD之前对分子体系先进行最小化--------DL_POLY

看手册上推荐用optim force 1.0

但是我一用就出错,谁会这个啊,发个CONTROL文件给我吧
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-15 09:11:15
equilibration表示平衡时间,steps表示模拟时间,也就是你预计多少步平衡,steps多出的步数则可以用作分析统计。平衡时间不同体系有所不同,你只要分析最后的能量是否在你所需的范围内波动就可以了。
自古明王圣帝,犹须勤学,况凡庶乎!
4楼2012-05-15 09:08:42
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-11 11:32:54
vallen: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-14 15:11:22
直接用
zero
就可以,这个是在0K进行最小化,
optim force 1.0 多是在对rigid进行优化
自古明王圣帝,犹须勤学,况凡庶乎!
2楼2012-05-11 10:00:07
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vallen

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2012-05-11 10:00:07:
直接用
zero
就可以,这个是在0K进行最小化,
optim force 1.0 多是在对rigid进行优化

谢谢!
在0K下应该优化多长时间呢? 100ps够吗?

另外CONTROL文件里有这么一项 “equilibration”, 这一项是用来干什么的?应该设为多少合适呢?
3楼2012-05-14 15:10:21
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vallen

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2012-05-15 09:08:42:
equilibration表示平衡时间,steps表示模拟时间,也就是你预计多少步平衡,steps多出的步数则可以用作分析统计。平衡时间不同体系有所不同,你只要分析最后的能量是否在你所需的范围内波动就可以了。

设置equilibration时间,只是自己预计的不想用来做分析统计的部分,它的大小并不影响MD过程,我这样理解对吗?
5楼2012-05-15 09:31:29
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