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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎样在做MD之前对分子体系先进行最小化--------DL_POLY
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vallen

银虫 (正式写手)

[求助] 怎样在做MD之前对分子体系先进行最小化--------DL_POLY

看手册上推荐用optim force 1.0

但是我一用就出错，谁会这个啊，发个CONTROL文件给我吧
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1楼 2012-05-07 10:52:33
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-11 11:32:54
vallen: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-14 15:11:22
直接用
zero
就可以，这个是在0K进行最小化，
optim force 1.0 多是在对rigid进行优化
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自古明王圣帝，犹须勤学，况凡庶乎！
2楼2012-05-11 10:00:07
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vallen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2012-05-11 10:00:07:
直接用
zero
就可以，这个是在0K进行最小化，
optim force 1.0 多是在对rigid进行优化

谢谢！
在0K下应该优化多长时间呢？ 100ps够吗？

另外CONTROL文件里有这么一项 “equilibration”， 这一项是用来干什么的？应该设为多少合适呢？
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3楼2012-05-14 15:10:21
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-15 09:11:15
equilibration表示平衡时间，steps表示模拟时间，也就是你预计多少步平衡，steps多出的步数则可以用作分析统计。平衡时间不同体系有所不同，你只要分析最后的能量是否在你所需的范围内波动就可以了。
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自古明王圣帝，犹须勤学，况凡庶乎！
4楼2012-05-15 09:08:42
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vallen

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dreamfly_ykf at 2012-05-15 09:08:42:
equilibration表示平衡时间，steps表示模拟时间，也就是你预计多少步平衡，steps多出的步数则可以用作分析统计。平衡时间不同体系有所不同，你只要分析最后的能量是否在你所需的范围内波动就可以了。

设置equilibration时间，只是自己预计的不想用来做分析统计的部分，它的大小并不影响MD过程，我这样理解对吗？
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5楼2012-05-15 09:31:29
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dreamfly_ykf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
vallen: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-05-16 14:54:14
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-16 15:49:42
不能说不影响，因为你的体系未到达平衡，就进行数据分析，这样得到数据不太可靠，所以平衡时间的设定也很重要，而且好像平衡时间的计算方法和平衡后有所不同，具体我也没有细细研究，有时候你模拟发现能量在平衡时间前都是一致下降，但是达到平衡时间后，能量可能上升，这表示平衡时间设置短了，此时体系还未平衡，
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自古明王圣帝，犹须勤学，况凡庶乎！
6楼2012-05-16 09:13:46
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