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Diacetyl

铁虫 (初入文坛)

[求助] 构建质粒时 质粒上的ATG与目的基因ATG 的问题

不知道各位在构建质粒时,遇到这种情况:
Nco I 位点处含有ATG密码子时,使用的酶切位点为 B、C两处,目的基因正向引物序列ACTCGAATCCATGGCAAGTTCG。
在氨基酸序列翻译时,是从A处的ATG开始,而B处的ATG阅读框发生改变?
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 专家考核, 辛苦 2012-04-26 22:05:56
从A框也就是NcoI中的ATG开始翻译。
2楼2012-04-26 20:20:45
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西瓜: 金币+5, MolEPI+1, Good! 2012-04-26 22:06:12
Diacetyl: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-27 13:43:56
有这么几个问题,
1,EcoRI 酶切位点是GAATTC,不是GAATCC,估计是手误。记得不要犯这种错误哦,不然引物合成出来,载体构建不成功都还知道是什么原因。
2,翻译是从载体上ATG开始的,即是你标记的A处,所以你的引物设计应该在酶切位点后面加一个G,即GAATTC-G,这样才能保证你的基因不移码。
3,既然翻译从载体上的ATG开始的,所以酶切位点后面可以不用再加你基因的ATG了。
4,EcoRI 酶切位点的保护碱基是CCG,当然也有人说可以随便加碱基,但个人认为竟然有保护碱基表,还是按照标准来。
所以引物应该是:CCG-GAATTC-G-GCAAGTTCG(后面再补几个碱基吧,至少18个碱基配对啊,才9个,太抠了吧)
Thank-you,so-blue.
3楼2012-04-26 20:27:19
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Diacetyl

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by susizheng at 2012-04-26 20:27:19:
有这么几个问题,
1,EcoRI 酶切位点是GAATTC,不是GAATCC,估计是手误。记得不要犯这种错误哦,不然引物合成出来,载体构建不成功都还知道是什么原因。
2,翻译是从载体上ATG开始的,即是你标记的A处,所以你的 ...

非常感谢给予的指正,现在明白怎样处理这样的问题了。
您第三点提到的 ATG是不是 可加可不加?
谢谢!
4楼2012-04-27 13:43:19
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

引用回帖:
4楼: Originally posted by Diacetyl at 2012-04-27 13:43:19:
非常感谢给予的指正,现在明白怎样处理这样的问题了。
您第三点提到的 ATG是不是 可加可不加?
谢谢!

是的,可加可不加。
Thank-you,so-blue.
5楼2012-04-27 21:02:10
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