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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 我想问下 为啥基因组本来3.6MB，提出来跑电泳 只有23130bp左右
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fdfdsos

银虫 (职业作家)

阿鲁快讯家族

[求助] 我想问下 为啥基因组本来3.6MB，提出来跑电泳 只有23130bp左右

我想问下 为啥基因组本来3.6MB，提出来跑电泳 只有23130bp左右
O(∩_∩)O谢谢
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1楼 2012-04-25 08:43:46
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hongrunge

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+3, Good！ 2012-04-26 16:58:13
fdfdsos: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-27 13:02:12
如8楼所说，一般的DNA抽提方法过程中所造成的机械剪切力会造成DNA断裂，无法拿到完整基因组；通常拿到的片段大小都在23kb左右，再大些或小些都算正常。如果想拿到相对完整基因组片段，需要用低熔点琼脂糖包埋，然后采用酶解等温和裂解方式裂解细胞，具体请参见《分子克隆》第五章。
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11楼2012-04-26 16:51:39
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-27 08:30:42
fdfdsos: 金币+3, ★有帮助 2012-04-27 13:01:58
gDNA在提取过程中会被随机打断，是无法避免的，大部分物种的gDNA片段提取出来都是23kb左右，这个完全是正常的。看图上有部分拖尾，可能略有讲解，但不会影响后续试验。
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12楼2012-04-26 17:33:41
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普通回帖

黄油411

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 08:29:56
就是相当于小了十几倍吧！如果排除基因组本身问题，可能是形成了超螺旋了。紧供参考
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王小岛
专心做抗体
2楼2012-04-25 08:51:21
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XOooZzz

银虫 (小有名气)
无图无真相
提取时弄断了？
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fdfdsos
3楼2012-04-25 08:58:57
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王小岛

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 黄油411 at 2012-04-25 08:51:21:
就是相当于小了十几倍吧！如果排除基因组本身问题，可能是形成了超螺旋了。紧供参考

超螺旋每次都会形成吗  怎么我一直跑出来的电泳都是这样的 ？  我们实验室其他人提的基因组也是这样的。。。。
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4楼2012-04-25 09:16:43
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fdfdsos

银虫 (职业作家)

阿鲁快讯家族
西瓜: 回帖置顶 2012-04-26 16:57:28
  虫友们，电泳如图
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5楼2012-04-25 09:32:17
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fdfdsos

银虫 (职业作家)

阿鲁快讯家族
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by XOooZzz at 2012-04-25 08:58:57:
无图无真相
提取时弄断了？

图片已经上传了
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6楼2012-04-25 09:33:08
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XOooZzz

银虫 (小有名气)
fdfdsos: 回帖置顶 2012-04-27 13:02:28
没提过基因组，不了解情况。lz有把握提出来的基因组是完整的么？另外，听说跑大片段要用脉冲场凝胶电泳？
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7楼2012-04-25 17:58:27
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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fdfdsos: 金币+3, ★有帮助 2012-04-27 13:01:27
楼主跑电泳都能准确到bp级别么？
一般都会小一点吧。。
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Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
8楼2012-04-25 18:51:00
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huiee

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 13:54:21
fdfdsos: 金币+3, ★★★很有帮助, 如何阿鲁快讯快速充值呢？网址是：http://anyquestion.taobao.com/ 2012-05-16 19:26:53
基本上基因组提出来 都是断裂的
正如楼上所说 要脉冲电泳才行
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9楼2012-04-25 19:02:44
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止水之殇

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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fdfdsos: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-27 13:01:37
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-27 13:54:35
估计应该是形成高级结构了吧
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年轻的心本不该静如止水，波澜不惊！
10楼2012-04-25 21:32:16
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