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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何用MS建立表面、水、蛋白的模型
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

[交流] 如何用MS建立表面、水、蛋白的模型

哪位大侠指导一下怎么用MS建立表面、蛋白质、水的模型啊？用哪个模块，具体是哪些步骤啊？我这个小菜鸟琢磨好久都没琢磨出来，谢谢啦~
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1楼 2012-04-17 09:07:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
上善若水-川(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-14 10:33:59
不知你所谓“建立表面”是什么表面？
蛋白质和水的模型不用MS建立吧，
蛋白质的模型一般都是在PDB库里下载http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

水分子一般软件里都有，可以直接添加即可
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2楼2012-05-14 09:45:43
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
上善若水-川(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-14 10:42:36
一般都是晶体建立表面吧，首先建立晶体晶胞，然后切出所要的表面，加真空层就完成了表面建立。

蛋白质多种多样的，要根据你模拟的体系建立模型。

水的模型也可以在ms里面画

你看看创腾的material studio教程吧 版内搜索 或者google
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3楼2012-05-14 10:36:10
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 09:45:43:
不知你所谓“建立表面”是什么表面？
蛋白质和水的模型不用MS建立吧，
蛋白质的模型一般都是在PDB库里下载http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

水分子一般软件里都有，可以直接添加即可

恩恩，谢谢了，当初想用MS，后面发现好像不行~~~
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4楼2012-05-14 21:10:34
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-05-14 10:36:10:
一般都是晶体建立表面吧，首先建立晶体晶胞，然后切出所要的表面，加真空层就完成了表面建立。

蛋白质多种多样的，要根据你模拟的体系建立模型。

水的模型也可以在ms里面画

你看看创腾的material studio ...

恩恩，谢谢了，现在准备用gromacs做~
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5楼2012-05-14 21:12:22
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