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微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问怎样根据ID号删除序列

我有一个ID文件和一个FASTA格式的数据库文件,请问怎样能根据ID文件里的内容删除数据库里的序列,unix命令好像能解决,但不会用。请高手帮忙啊
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

amisking: BioEPI+1, 鼓励帮助解答,欢迎继续交流。 2012-04-15 18:36:51
写了个简单的Perl脚本,需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块;平台不限,Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子,也许需要略微修改此脚本,我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法: “delete_by_id.pl  fasta_file  id_file” 即可

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  • 附件 1 : delete_by_ID.pl
  • 2012-04-15 16:14:23, 765 bytes
4楼2012-04-15 16:17:07
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
微笑生活: 金币+50, ★★★很有帮助 2012-04-15 16:28:38
数据库文件,什么数据库?
如果仅仅是个fasta文件,那还算不上数据库吧,即便它很大……
写个perl,用BioPerl就能搞定了,等会我写个给你传上来,你会运行Perl程序吧?
2楼2012-04-15 15:43:26
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 15:43:26:
数据库文件,什么数据库?
如果仅仅是个fasta文件,那还算不上数据库吧,即便它很大……
写个perl,用BioPerl就能搞定了,等会我写个给你传上来,你会运行Perl程序吧?

刚看到,不好意思,我会运行perl, 但我电脑里没有bioperl,事实上我也试着写个小程序的,但水平有限,没有成功。如果你能写个传上来,感激不尽!
3楼2012-04-15 16:16:04
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 16:17:07:
写了个简单的Perl脚本,需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块;平台不限,Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子,也许需要略微修改此脚本,我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法 ...

看来我还要去装个Bioperl,
我有过装Bioperl没成功的惨痛经历
我尽量试试看能不能装成功。
不过还是要谢谢你啊
5楼2012-04-15 16:28:11
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

没关系,慢慢来,熟能生巧,有问题咱们再讨论
6楼2012-04-16 08:52:05
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-16 08:52:05:
没关系,慢慢来,熟能生巧,有问题咱们再讨论

Hi,我在windows上装了bioperl,运行你上次给我的程序时出现了以下情况
不知道这是怎么回事啊,只好麻烦你再看看了



7楼2012-04-16 23:01:18
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-16 08:52:05:
没关系,慢慢来,熟能生巧,有问题咱们再讨论

刚才说的那个问题解决了,呵呵
但是,结果不对啊, 一个也没删除
8楼2012-04-17 00:11:32
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 微笑生活 at 2012-04-17 00:11:32:
刚才说的那个问题解决了,呵呵
但是,结果不对啊, 一个也没删除

嗯,那么就是数据结构的问题了,建议你把fasta文件里的序列弄上一两个贴上来看看,然后再贴上你的待删除ID来。主要是看看这个ID在序列的什么位置。
在脚本获取id时候,可以改成description methods,你贴上来,我再修改一下吧。(其实可以用正则表达式匹配来避免这种情况,但是写起来比较麻烦又比较慢呵呵
9楼2012-04-17 08:32:01
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-17 08:32:01:
嗯,那么就是数据结构的问题了,建议你把fasta文件里的序列弄上一两个贴上来看看,然后再贴上你的待删除ID来。主要是看看这个ID在序列的什么位置。
在脚本获取id时候,可以改成description methods,你贴上来, ...

数据是这样的,你再看看吧,谢谢哦





10楼2012-04-17 08:56:01
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