24小时热门版块排行榜    

查看: 2232  |  回复: 14
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问怎样根据ID号删除序列

我有一个ID文件和一个FASTA格式的数据库文件,请问怎样能根据ID文件里的内容删除数据库里的序列,unix命令好像能解决,但不会用。请高手帮忙啊
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

amisking: BioEPI+1, 鼓励帮助解答,欢迎继续交流。 2012-04-15 18:36:51
写了个简单的Perl脚本,需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块;平台不限,Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子,也许需要略微修改此脚本,我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法: “delete_by_id.pl  fasta_file  id_file” 即可

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : delete_by_ID.pl
  • 2012-04-15 16:14:23, 765 bytes
4楼2012-04-15 16:17:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
微笑生活: 金币+50, ★★★很有帮助 2012-04-15 16:28:38
数据库文件,什么数据库?
如果仅仅是个fasta文件,那还算不上数据库吧,即便它很大……
写个perl,用BioPerl就能搞定了,等会我写个给你传上来,你会运行Perl程序吧?
2楼2012-04-15 15:43:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 15:43:26:
数据库文件,什么数据库?
如果仅仅是个fasta文件,那还算不上数据库吧,即便它很大……
写个perl,用BioPerl就能搞定了,等会我写个给你传上来,你会运行Perl程序吧?

刚看到,不好意思,我会运行perl, 但我电脑里没有bioperl,事实上我也试着写个小程序的,但水平有限,没有成功。如果你能写个传上来,感激不尽!
3楼2012-04-15 16:16:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 16:17:07:
写了个简单的Perl脚本,需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块;平台不限,Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子,也许需要略微修改此脚本,我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法 ...

看来我还要去装个Bioperl,
我有过装Bioperl没成功的惨痛经历
我尽量试试看能不能装成功。
不过还是要谢谢你啊
5楼2012-04-15 16:28:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-31 00:21 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-31 00:21 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +5 雨打竹帘 2026-08-30 9/450 2026-08-30 22:23 by 余韵清
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:21 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zICmwzsBXjbN 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:08 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AVl0JAsg9hyo 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:57 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:46 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 3/150 2026-08-30 19:26 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:23 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:13 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 18:53 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:40 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 17:45 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:33 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见