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微笑生活

铜虫 (小有名气)

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[求助] 请问怎样根据ID号删除序列

我有一个ID文件和一个FASTA格式的数据库文件，请问怎样能根据ID文件里的内容删除数据库里的序列，unix命令好像能解决，但不会用。请高手帮忙啊

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1楼 2012-04-14 23:19:46

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微笑生活

铜虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 15:43:26:
数据库文件，什么数据库？
如果仅仅是个fasta文件，那还算不上数据库吧，即便它很大……
写个perl，用BioPerl就能搞定了，等会我写个给你传上来，你会运行Perl程序吧？

刚看到，不好意思，我会运行perl, 但我电脑里没有bioperl，事实上我也试着写个小程序的，但水平有限，没有成功。如果你能写个传上来，感激不尽！

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3楼2012-04-15 16:16:04

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gaoyang636

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
微笑生活: 金币+50, ★★★很有帮助 2012-04-15 16:28:38

数据库文件，什么数据库？
如果仅仅是个fasta文件，那还算不上数据库吧，即便它很大……
写个perl，用BioPerl就能搞定了，等会我写个给你传上来，你会运行Perl程序吧？

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2楼2012-04-15 15:43:26

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gaoyang636

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【答案】应助回帖

amisking: BioEPI+1, 鼓励帮助解答，欢迎继续交流。 2012-04-15 18:36:51

写了个简单的Perl脚本，需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块；平台不限，Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子，也许需要略微修改此脚本，我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法： “delete_by_id.pl fasta_file id_file” 即可

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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : delete_by_ID.pl

2012-04-15 16:14:23, 765 bytes

4楼2012-04-15 16:17:07

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引用回帖:

4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 16:17:07:
写了个简单的Perl脚本，需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块；平台不限，Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子，也许需要略微修改此脚本，我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法 ...

看来我还要去装个Bioperl，

我有过装Bioperl没成功的惨痛经历
我尽量试试看能不能装成功。
不过还是要谢谢你啊

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5楼2012-04-15 16:28:11

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