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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请问怎样根据ID号删除序列
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
ID那个文件里面多了">"，你或者把ID里面的">"删掉，或者直接修改一下脚本即可，简单～
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微笑生活
11楼2012-04-17 14:29:33
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-17 14:29:33:
ID那个文件里面多了">"，你或者把ID里面的">"删掉，或者直接修改一下脚本即可，简单～

有字母没问题吧 我先试试看哦  谢谢啦
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12楼2012-04-17 18:17:43
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-17 14:29:33:
ID那个文件里面多了">"，你或者把ID里面的">"删掉，或者直接修改一下脚本即可，简单～

搞定了，谢谢
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13楼2012-04-17 19:45:29
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yinchfa

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 16:17:07
写了个简单的Perl脚本，需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块；平台不限，Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子，也许需要略微修改此脚本，我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法： ...

看了您的帖子非常兴奋，果断尝试了以下，很不错

不过，好像不能处理大数据量的文件，比如上十万条。
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14楼2012-09-21 11:05:26
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by yinchfa at 2012-09-21 11:05:26
看了您的帖子非常兴奋，果断尝试了以下，很不错

不过，好像不能处理大数据量的文件，比如上十万条。...

只要是fasta格式的文件，数据量大点应该没有什么问题。
但是Perl不是以速度快和占内存小著称的（也就是Perl又慢又肿）；所以如果发现速度奇慢或者其他问题，有几个建议：
1.用Linux 64 运行；
2.在配置较高的机器上运行；
3.换用其他语言处理。
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15楼2012-09-21 14:14:25
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