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gaoyang636

木虫 (著名写手)

ID那个文件里面多了">",你或者把ID里面的">"删掉,或者直接修改一下脚本即可,简单~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

11楼2012-04-17 14:29:33
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-17 14:29:33:
ID那个文件里面多了">",你或者把ID里面的">"删掉,或者直接修改一下脚本即可,简单~

有字母没问题吧 我先试试看哦  谢谢啦
12楼2012-04-17 18:17:43
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-17 14:29:33:
ID那个文件里面多了">",你或者把ID里面的">"删掉,或者直接修改一下脚本即可,简单~

搞定了,谢谢
13楼2012-04-17 19:45:29
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yinchfa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-04-15 16:17:07
写了个简单的Perl脚本,需要你电脑中安装有Perl和相应的BioPerl模块;平台不限,Win或者linux都行。
由于不知道你的数据啥样子,也许需要略微修改此脚本,我测试过可以用。
根据提供的id删除相应的序列。
用法: ...

看了您的帖子非常兴奋,果断尝试了以下,很不错

不过,好像不能处理大数据量的文件,比如上十万条。
14楼2012-09-21 11:05:26
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by yinchfa at 2012-09-21 11:05:26
看了您的帖子非常兴奋,果断尝试了以下,很不错

不过,好像不能处理大数据量的文件,比如上十万条。...

只要是fasta格式的文件,数据量大点应该没有什么问题。
但是Perl不是以速度快和占内存小著称的(也就是Perl又慢又肿);所以如果发现速度奇慢或者其他问题,有几个建议:
1.用Linux 64 运行;
2.在配置较高的机器上运行;
3.换用其他语言处理。
15楼2012-09-21 14:14:25
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