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[讨论交流] 分子动力学+分子对接=什么配置?
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我想请教点事情，请大虾帮忙看看，本人所在课题组最近想预测一个短肽的结构，大概30aa，然后做个peptides-protein对接，正在准备攒个机，价格在两万左右，主要跑GROMACS之类动力学软件，将来还要跑SYBYL DOCK之类对接设计新药,请高手指点，目前看中的： 两颗INTEL 5645 （6核12线程*2=12核24线程）； 或者两颗AMD 6272 （16核*2=32核） 问题：高手看看应该要哪个性价比高一点，这两个品牌cpu效率的差距大么，这些软件对两家CPU的兼容性没问题吧，软件对多核和整体性能哪个要求高点？还有内存、硬盘配置推荐下，高手帮忙啊！！！！！！  |
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leo1252
金虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-10 23:55:40
小李飞到: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢，很好的提醒，不过我们在做这个的同时是个学习的过程，所以可能必要的时候会跑超算，但是还是不太方便，熟悉软件还是整一台快点，呵呵~ 2012-04-11 11:08:31
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-10 23:55:40
小李飞到: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢，很好的提醒，不过我们在做这个的同时是个学习的过程，所以可能必要的时候会跑超算，但是还是不太方便，熟悉软件还是整一台快点，呵呵~ 2012-04-11 11:08:31
| 感觉后面一个性价比高，但是稳定性和兼容性方面可能有待考究了，我只是瞎说，你可以做个参考，不过如果你跑gromacs的话，还是建议你去超算上面去跑，超算上面软件都装好了，上海超算，深圳超算，天津超算，都可以的，如果经费有限，你可以先申请试用超算啊。做对接的话，还是要自己的cluster了。 |
4楼2012-04-10 23:18:57
fmtzhangli
金虫 (小有名气)
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- 专业: 生物信息学
2楼2012-04-10 13:26:10
3楼2012-04-10 13:54:35
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