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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 请问16S rDNA能定量吗？
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iloveblowgod

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问16S rDNA能定量吗？

本科不是学微生物的，现在被老板要求做肠道菌群的课题，好陌生……T^T

提完DNA之后是送到外面去测，请问16S rDNA能定出微生物的量吗？谢谢大家。
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未来是属于勇敢的人～
1楼 2012-04-10 09:54:04
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学
纯顶贴，希望引起大牛的注意，同问。
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环境卫生、微生物学、卫生应急
2楼2012-04-11 17:09:46
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小嫩瓜

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
实时定量PCR能定量 看资料上是这么做的。我也想了解这块
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活的艰辛是因为执着和不放弃
3楼2012-04-11 18:43:42
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tdong06

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-11 23:46:52
不行的，定量的话需要用QRT-PCR。
再说了，我就不知道你考虑用16s-rDNA定量什么？
做菌群的话，有DGGE，454-sequencing等等方法
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4楼2012-04-11 20:14:10
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-12 08:20:15
看你要定啥量, 定DNA浓度,用nanodrop足矣

定细菌的量,有qPCR使用细菌通用引物,

定某种细菌的量,用specific的引物qpcr.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
5楼2012-04-11 23:49:45
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by tdong06 at 2012-04-11 20:14:10:
不行的，定量的话需要用QRT-PCR。
再说了，我就不知道你考虑用16s-rDNA定量什么？
做菌群的话，有DGGE，454-sequencing等等方法

DGGE我不建议使用,resolution太低了,我做TRFLP感觉效果会好太多了.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
6楼2012-04-11 23:54:26
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by tdong06 at 2012-04-11 20:14:10:
不行的，定量的话需要用QRT-PCR。
再说了，我就不知道你考虑用16s-rDNA定量什么？
做菌群的话，有DGGE，454-sequencing等等方法

我绝对不建议新手做454, 一pyrosequencing太贵,二新手没法分析海量数据.
赞一下(1人) 回复此楼
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
7楼2012-04-12 00:01:59
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