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iloveblowgod

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问16S rDNA能定量吗?

本科不是学微生物的,现在被老板要求做肠道菌群的课题,好陌生……T^T

提完DNA之后是送到外面去测,请问16S rDNA能定出微生物的量吗?谢谢大家。
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

纯顶贴,希望引起大牛的注意,同问。
环境卫生、微生物学、卫生应急
2楼2012-04-11 17:09:46
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小嫩瓜

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
实时定量PCR能定量 看资料上是这么做的。我也想了解这块
活的艰辛是因为执着和不放弃
3楼2012-04-11 18:43:42
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tdong06

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-11 23:46:52
不行的,定量的话需要用QRT-PCR。
再说了,我就不知道你考虑用16s-rDNA定量什么?
做菌群的话,有DGGE,454-sequencing等等方法
4楼2012-04-11 20:14:10
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-12 08:20:15
看你要定啥量, 定DNA浓度,用nanodrop足矣

定细菌的量,有qPCR使用细菌通用引物,

定某种细菌的量,用specific的引物qpcr.
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
5楼2012-04-11 23:49:45
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by tdong06 at 2012-04-11 20:14:10:
不行的,定量的话需要用QRT-PCR。
再说了,我就不知道你考虑用16s-rDNA定量什么?
做菌群的话,有DGGE,454-sequencing等等方法

DGGE我不建议使用,resolution太低了,我做TRFLP感觉效果会好太多了.
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
6楼2012-04-11 23:54:26
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by tdong06 at 2012-04-11 20:14:10:
不行的,定量的话需要用QRT-PCR。
再说了,我就不知道你考虑用16s-rDNA定量什么?
做菌群的话,有DGGE,454-sequencing等等方法

我绝对不建议新手做454, 一pyrosequencing太贵,二新手没法分析海量数据.
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
7楼2012-04-12 00:01:59
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