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寇相宇

金虫 (小有名气)

[交流] 请问,两条不同来源的DNA序列,相似度达到多少时,才可以判定为同源? 已有6人参与

如题~

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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

★
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序列的相似性可以是定量的数值,也可以是定性的描述。相似度是一个数值,反映两条序列的相似程度。关于两条序列之间的关系,有许多名词,如相同、相似、同源、同功、直向同源、共生同源等。 在进行序列比较时经常使用“同源”(homology)和“相似”(similarity)这两个概念,这是两个经常容易被混淆的不同概念。两条序列同源是指它们具有共同的祖先。在这个意义上,无所谓同源的程度,两条序列要么同源,要么不同源。而相似则是有程度的差别,如两条序列的相似程度达到30%或60%。一般来说,相似性很高的两条序列往往具有同源关系。但也有例外,即两条序列的相似性很高,但它们可能并不是同源序列,这两条序列的相似性可能是由随机因素所产生的,这在进化上称为“趋同”(convergence),这样一对序列可称为同功序列。
帮助虫友,提升自己
2楼2012-04-10 09:04:11
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zjutboss

银虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也有疑惑,请问楼上,怎么同源序列怎么判断?
3楼2012-04-10 09:51:48
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寇相宇

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by charon1982 at 2012-04-10 09:04:11:
序列的相似性可以是定量的数值,也可以是定性的描述。相似度是一个数值,反映两条序列的相似程度。关于两条序列之间的关系,有许多名词,如相同、相似、同源、同功、直向同源、共生同源等。 在进行序列比较时经常 ...

那么两条序列如何确定是否同源呢?

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成年人的第一口诀:丢开所有借口
4楼2012-04-10 10:00:45
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)

帮助虫友,提升自己
5楼2012-04-10 12:59:39
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dappxiaomm

金虫 (小有名气)

这个。。。我也很想知道
6楼2012-04-11 11:01:04
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dongrongshu

木虫 (小有名气)

★
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在NCBI上可以对两个系列进行比对,但是所谓同源 一般至少要求在99.8%以上,但是也跟运用的软件和计算的方法有关。
加油!
7楼2012-04-11 18:21:10
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dawnshao

新虫 (小有名气)

是98%吧?
8楼2012-04-23 14:25:43
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5009918144

新虫 (小有名气)

★
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引用回帖:
7楼: Originally posted by dongrongshu at 2012-04-11 18:21:10
在NCBI上可以对两个系列进行比对,但是所谓同源 一般至少要求在99.8%以上,但是也跟运用的软件和计算的方法有关。

我想请问下怎么计算得出这个比例的呀?
9楼2019-07-09 19:27:46
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