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人生初见

木虫 (小有名气)

[求助] 通过RT-PCR 获得了一段保守序列 接着如何设计RACE引物

如题
我要做的是一个未知基因, 依据已知物种的 对比设计出了引物,做了RT-PCR获得了大约500bp的片段,现在要获得全长,做RACE。
kit 中说设计3‘和5’引物各为sense 和antisense 引物,我现在又个很纠结的问题,一般测序结果的序列是正链还是负链呢? 怎么知道测序结果是从5‘到3’ 还是从3‘到5’呢?然后怎么设计引物?
P.S.
我的电脑装的是win7  32位的,可以装PP5吗? 装了个PP6好像不好用

我是RACE新手   请教各位大虾!!!
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孙妙妙

金虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by 夏小狼xia123 at 2013-05-05 23:24:27
同问!...

我已经做完实验,分享下心得,其实RACE引物的设计不难,首先要搞清楚不论是5'还是3',都是以正义链来看方向的,所以3'RACE的引物是以反义链为模板,朝正义链3'的方向走(其实也想当于我们平时设计的上游引物),只要把这个方向问题搞清除了,其他就是按照它的原则,比如GC含量50%-70%,Tm值高于65度等,试剂盒说明书上的要求来就可以了。5'同理。希望对你有帮助
好好做实验!
16楼2013-05-08 19:33:48
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xuzhu598

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我最经也要做RACE,但也是新手呀,刚刚看了下3‘和5’RACE的原理和步骤,算是懂一点了,但不知道到时实验做起来会怎么样,祝我俩好运吧!
2楼2012-04-09 19:32:34
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人生初见

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xuzhu598 at 2012-04-09 19:32:34:
我最经也要做RACE,但也是新手呀,刚刚看了下3‘和5’RACE的原理和步骤,算是懂一点了,但不知道到时实验做起来会怎么样,祝我俩好运吧!

那请问你的引物是如何设计的呢?一般测序结果的序列是正链还是负链呢?我很想知道这个问题的答案  谢谢
3楼2012-04-09 20:27:35
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人生初见

木虫 (小有名气)

怎么没有人回复呢  是问题太低级吗
4楼2012-04-09 20:42:21
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