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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如果蛋白序列N或者C末端多了6个组氨酸，怎么分析蛋白结构呢？
汕头大学海洋科学接受调剂
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cclion

新虫 (初入文坛)

[求助] 如果蛋白序列N或者C末端多了6个组氨酸，怎么分析蛋白结构呢？

我主要是在蛋白的N末端或者C末端加了6个组氨酸，然后酶活发生很大改变，老板让我做个结构模拟，看下这两个重组蛋白结构有什么变化，这几天一直在做这个，看了好多贴，用SWISS-MODEL做过，做不出来，说我的这两个蛋白与模板蛋白的结构太相似。所以也不知道拿什么做了。各位大虾有啥好建议没？在这里不胜感激了
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1楼 2012-04-08 16:51:18
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cclion

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gzgzgz at 2012-04-09 00:21:23:
His-tag一般不会影响酶活性，除非特别解决活性位点。如果因为后者，你该算算静电势，不用急着上动力学。

静电势？
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5楼2012-04-09 22:41:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-08 21:53:40
我估计你这个单独做同源模建是很难看出来差异的，因为一般情况下His-tag对活性的影响都是比较小的~你得先确定你的实验结果没有太大问题，比如是否是因为His-tag的加入才导致的酶的活性变化，这点一定要首先确定
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2楼2012-04-08 21:52:30
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-09 22:43:26
His-tag一般不会影响酶活性，除非特别解决活性位点。如果因为后者，你该算算静电势，不用急着上动力学。
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3楼2012-04-09 00:21:23
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cclion

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-08 21:52:30:
我估计你这个单独做同源模建是很难看出来差异的，因为一般情况下His-tag对活性的影响都是比较小的~你得先确定你的实验结果没有太大问题，比如是否是因为His-tag的加入才导致的酶的活性变化，这点一定要首先确定

谢谢回答。确实是在原来蛋白的末端只添加了His-tag，酶活就增大了很多。目前来看可能是该标签对我的蛋白有影响，或者无论是连接哪一种多余肽段都会对本蛋白产生影响，这个还没有进行研究，因为时间太紧，所以只想看下His-tag对它的构象有没有影响。
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4楼2012-04-09 22:40:05
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