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cclion

新虫 (初入文坛)

[求助] 如果蛋白序列N或者C末端多了6个组氨酸,怎么分析蛋白结构呢?

我主要是在蛋白的N末端或者C末端加了6个组氨酸,然后酶活发生很大改变,老板让我做个结构模拟,看下这两个重组蛋白结构有什么变化,这几天一直在做这个,看了好多贴,用SWISS-MODEL做过,做不出来,说我的这两个蛋白与模板蛋白的结构太相似。所以也不知道拿什么做了。各位大虾有啥好建议没?在这里不胜感激了
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-08 21:53:40
我估计你这个单独做同源模建是很难看出来差异的,因为一般情况下His-tag对活性的影响都是比较小的~你得先确定你的实验结果没有太大问题,比如是否是因为His-tag的加入才导致的酶的活性变化,这点一定要首先确定
2楼2012-04-08 21:52:30
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-09 22:43:26
His-tag一般不会影响酶活性,除非特别解决活性位点。如果因为后者,你该算算静电势,不用急着上动力学。
3楼2012-04-09 00:21:23
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cclion

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-08 21:52:30:
我估计你这个单独做同源模建是很难看出来差异的,因为一般情况下His-tag对活性的影响都是比较小的~你得先确定你的实验结果没有太大问题,比如是否是因为His-tag的加入才导致的酶的活性变化,这点一定要首先确定

谢谢回答。确实是在原来蛋白的末端只添加了His-tag,酶活就增大了很多。目前来看可能是该标签对我的蛋白有影响,或者无论是连接哪一种多余肽段都会对本蛋白产生影响,这个还没有进行研究,因为时间太紧,所以只想看下His-tag对它的构象有没有影响。
4楼2012-04-09 22:40:05
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cclion

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gzgzgz at 2012-04-09 00:21:23:
His-tag一般不会影响酶活性,除非特别解决活性位点。如果因为后者,你该算算静电势,不用急着上动力学。

静电势?
5楼2012-04-09 22:41:22
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