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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 分层计算和公式E oniom= E high(model) +E low(real)-E low(model)之间关系的疑问
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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] 分层计算和公式E oniom= E high(model) +E low(real)-E low(model)之间关系的疑问

众所周知，分层计算中关于能量的计算公式为：
             E oniom= E high(model) +E low(real)-E low(model)
关于该公式我个人理解E high(model)表示用高基组计算的那部分的能量，E low(real)表示用低基组计算的整个物质的能量，E low(model)表示用低基组计算整个物质的能量。
    要知道总的E oniom，就得分别对客体分子进行高基组计算，主体分子进行低基组计算，整个的复合物再进行低基组计算。那既然如此，好像还有什么必要进行分层计算呢？求解答，谢谢。

[ Last edited by 可米kemi on 2012-4-7 at 01:08 ]
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1楼2012-04-07 01:07:41
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-04-07 11:53:33
可米kemi: 金币+5, 哦。那在分层计算中应该怎么求能量呢？我只知道输出文件最末尾有个生成热(HF). 2012-04-08 00:56:37
你理解错了.

E(Model, High)是高方法描述活性区域时的能量, E(Model, Low)是低方法描述活性区域是的能量.
E(Real, Low)才是低方法描述整体时的能量. Low和High是人为定的, 不见得是小基组和大基组, 可以是两个不同的方法.

还有Model和Real也不对应你所说的主客体分子. Model是活性区域, 是你针对具体体系不同研究目的人为划分. 如果你关心主客体分子之间的相互作用, 那显然要把主客体分子间相互作用的那部分区域划进Model中才可以.
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2楼2012-04-07 10:58:24
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小红豆: 金币+3, 3X 2012-04-07 14:49:36
可米kemi: 金币+5, 哦，那在分层计算中应该怎么求能量呢？我只知道输出文件最末尾有个生成热(HF). 2012-04-08 00:57:08
real是整个体系，model是高层，这个公式的意思是：
          E=低层用low方法的能量+高层用high方法的能量
          real=低层+高层
oniom主要是针对大体系的，不方便整个体系都用high方法，因此只选取作用为点放在高层用比低层精确的方法进行计算。
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3楼2012-04-07 13:54:44
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿
没用过ONIOM，顺便学习下~
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理论与计算化学，化学物理，生物物理
4楼2012-04-08 04:27:39
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 不喜欢豆芽 at 2012-04-07 13:54:44:
real是整个体系，model是高层，这个公式的意思是：
          E=低层用low方法的能量+高层用high方法的能量
          real=低层+高层
oniom主要是针对大体系的，不方便整个体系都用high方法，因此只选取作用为 ...

那个就是处理过的能量。
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5楼2012-04-09 08:32:45
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