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tuwenwuguan新虫 (正式写手)
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[求助]
帮忙看看审稿意见（有关氢键键能）
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文章已经是大修后让再次修改， 编辑说一句“请珍惜最后的修改机会”，吓得我不轻，还等着毕业。555，请高人不吝赐教！ the authors claim that energy for interaction energy between tyrosine and dG (nucleotide) increased from 6.2 kcal/mol to 12.5 kcal/mol after equilibrium and dynamic simulation. This corresponds to a deltadelta G of are greater than 6 kcal/mol, a value that is far too high for simple H-bonds or even a single electrostatic interaction. I do not believe this number has any real meaning. The authors must explain this in better detail. How is this caused by "enhanced electrostatic energy"? 这段话的意思是我计算得出的氢键能量审稿人觉得太高了吗？ 6kcal/mol，相当于24kj/mol，我查了百度，在氢键键能的范围啊 (12-25 kj/mol）。难道氢键键能范围不是这个吗？又如何解释这个问题呢？谢谢。 |
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3楼2012-03-30 18:21:36
2楼2012-03-30 13:14:43
tuwenwuguan
新虫 (正式写手)
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- 性别: MM
- 专业: 病原真菌、真菌感染与宿主
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感谢楼上两位的回复。我试着这样回复如下： The interaction energy between tyrosine and nucleotide was not constant and there existed a variation. For example, At the beginning of the MD simulation, the interaction energy fluctuated from 6 kcal/mol to 7.3 kcal/mol; at the end of MD, this interaction energy fluctuated from 11.3 kcal/mol to 12.5 kcal/mol. To emphasize the increase of the interaction energy during the MD process, we chose 6.2 kcal/mol and 12.5 kcal/mol at the beginning/end of MD, but the actual change of the interaction energy should be less obvious. In the present manuscript, we added the standard deviation when the interaction energy was analyzed. Furthermore, it has been reported that the hydrogen bond energy is about 23.3 kj/mol (5.6 kcal/mol)， Therefore, basically the H-bond energy between tyrosine and nucleotide is reasonable. 大家觉得是否妥当？ |
4楼2012-03-31 12:43:33
5楼2012-03-31 16:45:01
